在csv文件中编写和加载表达式集

时间:2017-11-30 11:14:26

标签: r csv bioconductor

在R中,可以使用ExpressionSet将生物传感器csv.write写入csv文件。例如,使用标准bladderbatch data available as a bioconductor package,以下代码将csv文件写入当前工作的drectory:

library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")

是否有工具可以将生成的csv文件作为ExpressionSet读回R?

如果没有,是否有ExpressionSet ↔ csv序列化器/反序列化器,它可以将ExpressionSets作为csv文件输出并将csv文件作为ExpressionSets读取?

我问的原因是因为我需要使用python和java代码与ExpressionsSets交互,我可以轻松使用“csv”文件,但不能使用“.rda”,“。CEL”或其他二进制文件

2 个答案:

答案 0 :(得分:3)

如果您只想使用R和python与数据交互,请考虑将ExpressionSet保存为羽毛对象。

https://github.com/wesm/feather

答案 1 :(得分:1)

来自@Nathan Werth的评论是我认为您正在寻找的。通过致电readExpressionSet,您可以轻松地将CSV文件作为ExpressionSet读取。

首先,将CSV文件写为初始代码:

library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")

然后阅读:

temp <- Biobase::readExpressionSet("bladderEset.csv")
> class(temp)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"