在R中,可以使用ExpressionSet
将生物传感器csv.write
写入csv文件。例如,使用标准bladderbatch data available as a bioconductor package,以下代码将csv文件写入当前工作的drectory:
library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")
是否有工具可以将生成的csv文件作为ExpressionSet
读回R?
如果没有,是否有ExpressionSet ↔ csv
序列化器/反序列化器,它可以将ExpressionSets作为csv文件输出并将csv文件作为ExpressionSets读取?
我问的原因是因为我需要使用python和java代码与ExpressionsSets交互,我可以轻松使用“csv”文件,但不能使用“.rda”,“。CEL”或其他二进制文件
答案 0 :(得分:3)
如果您只想使用R和python与数据交互,请考虑将ExpressionSet保存为羽毛对象。
答案 1 :(得分:1)
来自@Nathan Werth的评论是我认为您正在寻找的。通过致电readExpressionSet
,您可以轻松地将CSV文件作为ExpressionSet
读取。
首先,将CSV文件写为初始代码:
library("bladderbatch")
data("bladderdata")
write.csv(bladderEset, "bladderEset.csv")
然后阅读:
temp <- Biobase::readExpressionSet("bladderEset.csv")
> class(temp)
[1] "ExpressionSet"
attr(,"package")
[1] "Biobase"