UPDATE1：

Question

我使用：

将包含一个大序列的.fasta-File解析为python

for rec in SeqIO.parse(faFile, "fasta"):
    identifier=(rec.id)
    sequence=(rec.seq)

然后，我正在建一本字典：

d={identifier:sequence}

仅打印序列时，我得到以下结果：

CAGCCAGATGGGGGGAGGGGTGAGCGCTCTCCCGCTCAAAACCTCCAGCACTTT...CAT

注意：所有字母都打印出来，我点了点以缩短

打印字典时，我得到：

{'NC_003047.1': Seq('CAGCCAGATGGGGGGAGGGGTGAGCGCTCTCCCGCTCAAAACCTCCAGCACTTT...CAT', SingleLetterAlphabet())}

“Seq”和SingleLetter字母表来自哪里？

期望的结果将是：

{'NC_003047.1':'CAGCCAGATGGGGGGAGGGGTGAGCGCTCTCCCGCTCAAAACCTCCAGCACTTT...CAT'}

UPDATE1：

根据评论中的链接，我试过

input_file=open(faFile)
d=SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(faFile,"fasta"))

导致：

{'NC_003047.1': SeqRecord(seq=Seq('CAGCCAGATGGGGGGAGGGGTGAGCGCTCTCCCGCTCAAAACCTCCAGCACTTT...CAT', SingleLetterAlphabet()), id='NC_003047.1', name='NC_003047.1', description='NC_003047.1 Sinorhizobium meliloti 1021 chromosome, complete genome', dbxrefs=[])}

所以，遗憾的是，这没有帮助:(

提前感谢您的时间和精力：）

Answer 1

SeqIO没有返回字符串，它返回一个对象。打印时，打印对象的字符串表示形式，在这种情况下，不仅仅是对象的（某些属性）中包含的数据。

（有些对象的设计是为了打印对象只打印其中的数据。这取决于库如何组合以及程序员如何设计其__str__()方法。这可能对你没用此时，如果您继续这样做，可能会帮助您了解您找到的其他相关资源。）

我不熟悉SeqIO，但快速谷歌搜索暗示你可能想要

d={identifier: sequence.seq}

只将SeqIO对象的seq属性作为此标识符的值。

Python3：从.fasta构建字典 - “奇怪”打印输出值

UPDATE1：

1 个答案: