Question

从https://github.com/MikeJSeo/SAM运行一个闪亮的应用程序以及访问它的代码：

install.packages(c("samr", "matrixStats", "GSA", "shiny", "openxlsx"))
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("impute")
library(shiny)
runGitHub("SAM", "MikeJSeo")

应用程序运行良好，但在尝试保存输出时出现错误。这是我获得的错误：

Warning: Error in : zipping up workbook failed. Please make sure Rtools is installed or a zip application is available to R.
Try installr::install.rtools() on Windows. If the "Rtools\bin" directory does not appear in Sys.getenv("PATH") please add it to the system PATH 
or set this within the R session with Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "path/to/zip.exe")

我试过;

Sys.getenv("PATH")

，输出

[1] "C:\\Program Files\\R\\R-3.4.1\\bin\\x64;C:\\ProgramData\\Oracle\\Java\\javapath;C:\\Windows\\system32;C:\\Windows;C:\\Windows\\System32\\Wbem;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Program Files\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\ActivIdentity\\ActivClient\\;C:\\Program Files (x86)\\Addinsoft\\XLSTAT\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\;C:\\Windows\\System32\\WindowsPowerShell\\v1.0\\"

我假设我的错误是因为我没有“Rtools \ bin”目录。我试过了，

Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "mypath/to/zip.exe")

但不是运气。那我怎么能纠正这个呢？

Answer 1

要回答John Doe的问题，可以通过将以下行添加到.Rprofile中来确保Rtools始终位于并且仅位于R的路径中：

Sys.setenv(PATH = paste("C:/Rtools/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))

.Rprofile必须位于命令Sys.getenv("HOME")指向的路径上。

如何将Rtools \ bin添加到R中的系统路径

1 个答案: