运行以下代码我使用tSNE获得了15个集群，但是当我按集群颜色（即身份）进行着色时，我最多只能获得8种颜色。
library(Seurat)
library(rgl)
example <- RunTSNE(example, dims.use = PC, do.fast = TRUE, dim.embed = 3)
example_1 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,1]
example_2 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,2]
example_3 <- example@dr$tsne@cell.embeddings[,3]
plot3d(x = example_1, y = example_2, z = example_3, col =
as.numeric(example@ident))
这是一个问题，因为创建的3D tSNE图表具有相同颜色的不同聚类。
是否有不同的方式使用更多颜色（15），以便每个群集都有自己的颜色？ 感谢。
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这扩展了G5W和我自己的评论。
rgl使用标准基础图形系统来指定颜色。您可以通过名称，RGB编码或调色板中的数字来提供它们。有关此系统的详细信息，请参阅?col2rgb帮助页面。
如果要使用15个单独的数值，则可能需要设置比默认值更大的调色板。 ?rainbow帮助页面描述了几种生成颜色的功能;还有RColorBrewer包定义了更好的调色板，但没有定义多达15种颜色。
使用rainbow(15)将获得15种不同的颜色。只需添加
palette(rainbow(15))
plot3d来电之前，您将自动获取它们。然后，您可以使用
添加图例legend3d("right", legend = levels(example@ident), fill = palette())
图例是位图，因此如果您打算保存图像以进行打印，请在添加图例之前将窗口展开为完整尺寸。