Question

我对R很陌生，我试图在CCA情节中展示物种名称。我发现你可以在创建一个空白的CCA图之后使用orditorp来用截断的物种名称替换默认点。但是，当我尝试运行orditorp函数时，我收到错误消息：

Error in x[ord, ] : subscript out of bounds
In addition: Warning messages:
1: In x[, 1] - w :
  longer object length is not a multiple of shorter object length
2: In x[, 1] + w :
  longer object length is not a multiple of shorter object length
3: In x[, 2] - h :
  longer object length is not a multiple of shorter object length
4: In x[, 2] + h :
  longer object length is not a multiple of shorter object length

我正在运行的代码如下：

bmi_all<- read.delim("BMI_data_all_var.txt", header=T, sep="\t", row.names=1)
library(vegan)
taxa.matrix <- subset(bmi_all, select=Chironomidae:Neoporus)
attach(bmi_all)
#perform a correspondance analysis on my bmi data
bmi_ca<- cca(taxa.matrix~TSS+BChla+SChla+DSub, na.action=na.exclude)
cnam<-make.cepnames(names(taxa.matrix))
stems<-colSums(taxa.matrix)
plot(bmi_ca, dis="sp", type="n")
orditorp(bmi_ca,"sp",label=cnam,priority=stems,pch="+",pcol="red")

如果我跑plot(bmi_ca, dis="sp", type="t")我得到了CCA情节，但正如预期的那样，物种名称会产生非常混乱的排序。在创建taxa.matrix和bmi_ca时，我已尝试将cnam替换为stems，但在尝试应用orditorp时出现同样的错误。< / p>

有什么想法吗？

提前致谢！

-Jordan

Answer 1

经过一番摆弄，我设法解决了我的问题！我从我的数据集中删除了一个站点，这导致一些物种的丰度为零。删除它们并运行代码后，它就可以了！

使用orditorp：下标超出界限时出错

1 个答案: