bash：python：.py：找不到命令

Question

我正在尝试在QIIME2 virtual machine中运行以下命令，安装在macbook上但代码无效

validate_mapping_file.py -m Fasting_Map.txt -o mapping_output

以下是链接：http://qiime.org/tutorials/tutorial.html

我收到以下消息

  

bash：validate_mapping_file.py：找不到命令

我是unix/linux以及qiime的新手。我非常感谢你的帮助...

Answer 1

要以这种方式执行Python脚本，您需要做三件事：

1. 该文件需要为您设置可执行位。为此，请尝试使用：chmod u+x validate_mapping_file.py

2. 该文件需要以shebang开头，例如#!/usr/bin/env python3，它将告诉系统根据您的环境使用python3可执行文件运行脚本

3. 该文件需要位于PATH环境变量的其中一个目录中。您可以使用导出PATH=$PWD:$PATH添加当前目录，或使用./validate_mapping_file.py而不只是validate_mapping_file.py（感谢@Grisha）

之后你应该能够以你以前尝试过的方式执行脚本。