Question

我正在尝试通过Biopython运行DSSP，几个月前代码工作正常，但是，我现在得到了这个错误。任何帮助将不胜感激。

>>>from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
>>>from Bio.PDB.DSSP import DSSP
>>>p=PDBParser(PERMISSIVE=1)
>>>st= p.get_structure('1bzq','1bzqK.pdb')
>>>model=st[0]
>>>dssp= DSSP(model,'1bzqK.pdb',dssp='dssp')
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/home/rennes/akhila/.local/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/DSSP.py", line 355, in __init__
except FileNotFoundError:
NameError: global name 'FileNotFoundError' is not defined

我已经通过

检查了dssp的路径

user@home:~/Documents/FR_distances$ mkdssp
mkdssp 2.2.1 options:
-h [ --help ]         Display help message
-i [ --input ] arg    Input file
-o [ --output ] arg   Output file, use 'stdout' to output to screen
-v [ --verbose ]      Verbose output
--version             Print version
-d [ --debug ] arg    Debug level (for even more verbose output)

我还提到了this并改变了dssp路径，但它仍然给了我同样的错误。

Answer 1

来自source code：

请注意，DSSP-2软件包中最近的DSSP可执行文件是已从dssp重命名为mkdssp。如果您使用的是最近的DSSP版本可能需要提供DSSP可执行文件的名称： >>> dssp = DSSP(model, '1mot.pdb', dssp='mkdssp')

尝试将dssp= DSSP(model,'1bzqK.pdb',dssp='dssp')替换为：

dssp = DSSP(model, '1bzqK.pdb', dssp='mkdssp')

来自Biopython的DSSP抛出错误'NameError：全局名称'FileNotFoundError''

1 个答案: