Question

我正在尝试使用以下数据集制作堆叠和分组的条形图：

dfplot  <- data.frame(organisms=c("M.musculus","D.melanogaster" ,"H.sapiens","O.sativa","S.pombe","C.familiaris",
           "G.gallus","P.falciparum","A.thaliana","C.elegans","D.rerio","B.taurus","S.cerevisiae","R.norvegicus","C.intestinalis","B.subtilis","E.coli"),                  
                      KEGGv2=c(20,7,21,126,106,62,26,80,5,5,13,306,8,35,32,104,107), 
                      KEGGv1=c(286,124,289,0,0,244,135,0,121,124,148,0,101,271,87,0,0),
                      Reactome=c(358,146,596,115,54,306,370,23,155,112,365,341,52,364,0,0,0))

# Melt the dataframe
melted <- melt(dfplot, "organisms")

# Reformat the data labels
melted$cat <- ''
melted[melted$variable == 'Reactome',]$cat <- "Reactome"
melted[melted$variable != 'Reactome',]$cat <- "KEGG"


ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
  facet_grid(~ organisms)+ 
  scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
  labs(y = "Number of Pathways") +
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.text.x=element_blank(),
        axis.ticks.x=element_blank(),
        legend.title=element_blank(),
        strip.text.x = element_blank(),
        strip.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))

我的输出如下：

enter image description here

我为每个生物体使用了facet_grid，因为我想在stack（对于KEGGv1和KEGGv2）之间混合，然后将其与另一个组Reactome分组。然而，当进行熔化时，x轴将具有每个facet_grid两个标签（KEGG和Reactome，这是从熔化[cat]获得的变量）。我不想要那个标签，所以我将它们删除了。

我想要做的是每个分组都有生物体名称，因此17个分组条中的每一个都将具有相应生物体的名称**。因此，我错过了，我尝试了几种方法，但我找不到合适的方法。

提前致谢，

Answer 1

你可以做两件事来完成这项工作：

旋转小平面的标签，使其以90度
使用switch = 'x'中的facet_grid参数绘制图表下方的构面标签。

以下是完整的示例：

  ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +
    facet_grid(~organisms, switch = 'x')+ 
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) +
    labs(y = "Number of Pathways") +
    theme(axis.title.x=element_blank(),
          axis.text.x=element_blank(),
          axis.ticks.x=element_blank(),
          legend.title=element_blank(),
          panel.grid.major = element_blank(),
          panel.grid.minor = element_blank(),
          panel.background = element_blank(),
          axis.line.y = element_line(colour = "black"),
          strip.text = element_text(angle = 90))

我保留了默认的阴影背景，但您可以根据需要轻松设置样式。

Aproach Two

您可能需要考虑旋转绘图。这需要您在调用构面之前使用coord_flip 翻转绘图的坐标。当我们面向另一个方向时，我们将facet参数更改为facet_grid(organisms~.)。引用x或y的所有其他参数都被交换：

ggplot(melted, aes(x=cat, y=value, fill=variable)) + geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') + coord_flip() + facet_grid(organisms~., switch = 'y') + scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4", "lightblue1", "olivedrab2")) + labs(y = "Number of Pathways") + theme(axis.title.y=element_blank(), axis.text.y=element_blank(), axis.ticks.y=element_blank(), legend.title=element_blank(), panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(), panel.background = element_blank(), axis.line.x = element_line(colour = "black"), strip.text.y = element_text(angle = 180))

Answer 2

首先，您可以将生物体标签设置为低于条形，而不是高于条形。这是通过将 facet_grid 函数的开关参数设置为“ x ”来建立的（请参阅下面的代码）。其次，您应该在主题函数调用中删除 axis.title.x = element_blank（）参数。更新后的代码如下。希望这有帮助！

ggplot(melted, aes(x = cat, y = value, fill =variable)) + 
    geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') +facet_grid(~organisms, switch="x")+ 
    scale_fill_manual(values=c("deepskyblue4","lightblue1","olivedrab2"))+
    ylab("Number of pathways")+
    theme(axis.title.x=element_blank(),axis.text.x=element_blank(),axis.ticks.x=element_blank())+theme(legend.title=element_blank())+
    theme(strip.background = element_blank())+theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"))

带有堆叠和分组选项的条形图，没有面网格

2 个答案:

Aproach Two