Question

我是编码的新手，我尽力找到答案，但没有任何效果。所以我希望你能帮助我：我有来自96孔板的数据，我设法通过使用Plater包将其转换为整洁的数据。看起来像这样：

> print(PlaterTest)
# A tibble: 96 x 4
   Wells `Amino acid position` Mutant Fluorescence
 * <chr>                 <chr>  <chr>        <int>
 1   A01                   D46      A          456
 2   A02                   D46      Y          856
 3   A03                   D46      R          356

此data.frame包含一些空白值。我想计算平均值并从所有其他值中减去它。所以计算平均值我找到了以下代码：

meanblank <- mean(PlaterTest[PlaterTest$`Amino acid position` == "blank", "Fluorescence"])

但是我得到了：

Warning message:
In mean.default(PlaterTest[PlaterTest$`Amino acid position` == "blank",  :
  argument is not numeric or logical: returning NA

所以我试图通过使用许多不同的方法将“荧光”列转换为数字类型，最后发现：

PlaterTest$Fluorescence = as.numeric(as.character(PlaterTest$Fluorescence))

所以现在我得到了：

> print(PlaterTest)
# A tibble: 96 x 4
   Wells `Amino acid position` Mutant Fluorescence
 * <chr>                 <chr>  <chr>        <dbl>
 1   A01                   D46      A          456
 2   A02                   D46      Y          856
 3   A03                   D46      R          356

我还找到了具有给定结果的以下代码行：

> sapply(PlaterTest, class)
          Wells Amino acid position              Mutant        Fluorescence 
    "character"         "character"         "character"           "numeric"

但是我仍然无法使用上面显示的代码计算平均值，因为它仍然给出了相同的错误消息。我认为我对不同的数据类型有一些麻烦。我希望你能帮助我。

Answer 1

OP的数据集是tibble而tibble没有默认drop=TRUE，只有在选择了一个列时才会删除维度。所以，基本上，它仍然是tibble

PlaterTest[PlaterTest$`Amino acid position` == "blank", "Fluorescence"]
# A tibble: 2 x 1
#  Fluorescence
#         <int>
#1          856
#2          356

且mean无法与data.frame或tibble合作。根据{{1}}

?mean

x - 一个R对象。目前有数字/逻辑方法矢量和日期，日期时间和时间间隔对象。复杂的载体仅允许trim = 0。

所以，它需要一个mean(x, ...)。因此，选择是提取“荧光”＆＃39;作为vector和子集，它基于＆＃39;空白＆＃39; “氨基酸位置”中的值＆＃39;柱

vector

另外，我们可以使用PlaterTest$Fluorescence[PlaterTest$`Amino acid position` == "blank"] #[1] 856 356 mean(PlaterTest$Fluorescence[PlaterTest$`Amino acid position` == "blank"]) #[1] 606方法

tidyverse

数据

library(dplyr)
PlaterTest %>%
         filter(`Amino acid position` == 'blank') %>%
         summarise(Mean = mean(Fluorescence)) %>%
         pull(Mean)

将data.frame中的列转换为数字类型以计算R中的平均值

1 个答案:

数据