Question

我对系统发育更加精益求精。目前我使用来自101种物种的整个mtDNA运行了MrBayes。系统发育分析分别进行两次，一次是第三个密码子位置，一次不是。 InvGAMMA模式用于两种分析。奇怪的是我可以用第三个密码子位置输入文件获得“.con.tre”文件，但不能用非第三个密码子位置输入文件。我运行了两次分析，但仍无法得到.con.tre文件。有谁知道为什么？这是我的.nex文件

#NEXUS
begin taxa;
dimensions ntax=101;
taxlabels
Ancistrotermes_pakistanicus_Thailand
Blatella_germanica
......
end;

begin characters;
    dimensions nchar=16305;
    format datatype=dna missing=? gap=-;
    matrix
    Ancistrotermes_pakistanicus_Thailand  AAGGAGTTTTATTCTTGC-TT-T...
    ......
;
end;

begin mrbayes;

CHARSET rna12-16S = 1-3141;
CHARSET tRNA = 3142-4875;
CHARSET coding_first = 4876-12495\2;
CHARSET coding_second = 4877-12495\2;

partition favored = 4: rna12-16S, tRNA, coding_first, coding_second;

set partition = favored; 

set autoclose=yes nowarn=yes;

lset applyto=(1,2,3,4) nst=6 rates=invgamma; 

unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all); 

prset applyto=(all) ratepr=variable;

mcmcp ngen= 10000000 relburnin=yes burninfrac=0.1  printfreq=5000  
samplefreq=5000 nchains=4 savebrlens=yes;

mcmc;

sumt;

end;



#My script on cluster.
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=MrBayes
#SBATCH --partition=compute
#SBATCH --time=6-23
#SBATCH --mem-per-cpu=15G
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mail-type=BEGIN,FAIL,END
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
module load MrBayes.mpi/3.2.3
srun --mpi=pmi2 mb -i test_mrbayes

Answer 1

首先，一个与该问题无直接关系的注释。当前CHARSET命令调用每隔一个碱基，但密码子长3 bp。要对每个第一个和第二个密码子位置进行采样，代码必须为：

CHARSET coding_first = 4876-12495\3;
CHARSET coding_second = 4877-12495\3;

必须使用更改的分区设置重复分析。

SUMT命令似乎很好，应该总结结果。要在台式计算机上运行摘要，请注释mcmc命令并再次执行nexus文件。您将执行命令的文件夹应包括*.t文件中的结果采样树。

[all the code above deleted for clarity of the change]
mcmcp ngen= 10000000 relburnin=yes burninfrac=0.1  printfreq=5000  
samplefreq=5000 nchains=4 savebrlens=yes;

[mcmc;]

sumt;

end;

在群集上跑了MrBayes，但找不到.con.tre文件？

1 个答案: