我最终希望在使用Scientific Linux 6.6的系统上为lme4安装R-3.2.5。我在共享系统上（我正在为分布式计算问题编译R个包），所以我需要将所有包安装到非标准位置（/a/lot/of/subdirectories/R-3.2.5而不是通常/usr/local/）。
我已经在安装lme4依赖项nloptr时遇到了很多问题，但install.packages无法使用R中的nlopt-2.4.2.tar.gz命令进行安装。我最终下载install.packages，安装它，然后在R中调用minqa时链接到已安装的库。我现在无法安装lme4库，这是另一个minqa依赖项。当我尝试在R中安装install.packages("minqa")以下命令时出现错误消息：trying URL 'http://cran.revolutionanalytics.com/src/contrib/minqa_1.2.4.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 53548 bytes (52 KB)
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downloaded 52 KB
* installing *source* package ‘minqa’ ...
** package ‘minqa’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gfortran -fpic -g -O2 -c altmov.f -o altmov.o
gfortran -fpic -g -O2 -c bigden.f -o bigden.o
gfortran -fpic -g -O2 -c biglag.f -o biglag.o
gfortran -fpic -g -O2 -c bobyqa.f -o bobyqa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c bobyqb.f -o bobyqb.o
gfortran -fpic -g -O2 -c lagmax.f -o lagmax.o
g++ -I/var/lib/condor/execute/slot1/dir_20833/R-3.2.5/lib64/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -I"/var/lib/condor/execute/slot1/dir_20833/R-3.2.5/lib64/R/library/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -c minqa.cpp -o minqa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c newuoa.f -o newuoa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c newuob.f -o newuob.o
gfortran -fpic -g -O2 -c prelim.f -o prelim.o
gfortran -fpic -g -O2 -c rescue.f -o rescue.o
gfortran -fpic -g -O2 -c trsapp.f -o trsapp.o
gfortran -fpic -g -O2 -c trsbox.f -o trsbox.o
gfortran -fpic -g -O2 -c trstep.f -o trstep.o
gfortran -fpic -g -O2 -c uobyqa.f -o uobyqa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c uobyqb.f -o uobyqb.o
gfortran -fpic -g -O2 -c update.f -o update.o
gfortran -fpic -g -O2 -c updatebobyqa.f -o updatebobyqa.o
g++ -shared -L/usr/local/lib64 -o minqa.so altmov.o bigden.o biglag.o bobyqa.o bobyqb.o lagmax.o minqa.o newuoa.o newuob.o prelim.o rescue.o trsapp.o trsbox.o trstep.o uobyqa.o uobyqb.o update.o updatebobyqa.o Fatal error: creating temporary file for '-e' failed -lgfortran -lm
g++: Fatal: No such file or directory
g++: error:: No such file or directory
g++: creating: No such file or directory
g++: temporary: No such file or directory
g++: file: No such file or directory
g++: for: No such file or directory
g++: '-e': No such file or directory
g++: failed: No such file or directory
make: *** [minqa.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘minqa’
* removing ‘/var/lib/condor/execute/slot1/dir_20833/R-3.2.5/lib64/R/library/minqa’
The downloaded source packages are in
‘/var/lib/condor/execute/slot1/dir_20833/RtmpruzdgN/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("minqa") :
installation of package ‘minqa’ had non-zero exit status
g++来自install.packages的{{1}}似乎试图引用位置/usr/local/lib64，而不是我安装R的实际位置。有关如何解决这个问题的任何想法？我可以传递给install.packages（例如，使用configure.args选项）以告诉g++该怎么做？
答案 0 :(得分：2)
这里有几件事。
首先，位置无关紧要。 R可以使用.libPaths()或其中一个环境变量，轻松安装任意内容。有关详细信息，请参阅help(Startup)，install.packages()也有直接选项。
第二个，虽然您的目标可能是lme4，但您需要逐个处理依赖项。如果问题nloptr，请在此查看有关它的众多问题。我为它提供了一个补丁，它将nlopt构建一个系统libnlopt - 然后它很容易（至少在Debian / Ubuntu上）。较新的github nloptr源也捆绑了它。
第三，如果所有这些都很难，真的是否必须是科学Linux？在Linux的其他几种版本中，这只是sudo apt-get install r-cran-lme4，包及其所有依赖项将从二进制文件安装。
答案 1 :(得分：0)
解决方案是多重的：
nloptr包中的install_github从Github安装devtools。我发现，问题在于，由于我曾经安装nloptr的解决方法，minqa正在查找各个nloptr库的错误位置。 Github上nloptr的开发版本似乎使用了一种不同的方法来安装nlopt库，它们没有引发错误install.packages时，请使用lib=.libPaths()[2]设置正确的库路径install.packages遇到错误，请尝试使用外部R中的R CMD INSTALL 结合起来，这些不同的方法似乎解决了我的所有问题。