导入pygrib anaconda引发依赖问题

Question

我有以下问题：我已经安装了anaconda 3并在我的anaconda环境中安装了名为“pygrib”的软件包。现在，当我在环境中的文件中导入pygrib时，它会显示以下错误：

import pygrib ImportError: libhdf5.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory

由于我是noobie，我真的不知道如何处理这些信息。我安装了h5py软件包和其他一些相关软件包，但它没有解决问题。怎么办？

Answer 1

这是与HDF5库的链接错误。您是从源代码构建pygrib还是使用conda-forge频道通过conda进行安装？当我使用conda-forge版pygrib时，我会遇到同样的问题。来自ECMWF的GRIB API（在conda-forge上列为ecmwf_grib）是pygrib所依赖的，HDF5依赖来自GRIB API库中使用的netCDF4。具体来说，使用最新的HDF5（此时为1.10.0）是导致问题的原因。使用HDF5 1.8。*可以正确导入pygrib。

要强制conda获取特定版本，请执行以下操作：

conda install pygrib hdf5=1.8

这将使conda再次使用较旧的HDF5库解决程序包规范，并可能解决问题。这假设您处于conda安装pygrib的环境中。如果您愿意，也可以使用conda create -n <env name> pygrib hdf5=1.8创建新环境。

通常，当您看到未找到库的这些错误时，通常需要安装正确版本的库。对于conda，在更新软件包时会发生这种情况，并且安装了较新版本的库，而您正在使用的软件包尚未正确链接。只要您可以追踪导致问题的软件包/库，就可以使用上述过程开始要求安装某些版本的东西，然后conda应该更新或降级事物，以便再次协同工作。希望这是有道理和有帮助的。

这部分可能会或可能不会引起您的兴趣，但我无法肯定的是这个问题的起源。我的猜测是ecmwf_grib和它是如何构建的。这就是ldd显示我的安装显示旧的HDF5依赖性的地方。如果我能找出确切的问题，我会更新这个答案。