Question

我需要在同一个snakefile中运行两个规则（gatk_Mutect2和gatk_IndelRealigner）。

如果将这些规则放在不同的snakefiles中，我可以毫无错误地运行它们。

我使用两个输入函数（get_files_somatic和get_files）。两者都使用案例名称作为字典键。（每个案例都有正常）。当我将这些规则放在同一个snakefile中时，snakemake会尝试在gatk_IndelRealigner的输入上找到法线的id。

我的问题是：如何管理两条规则的含糊不清？我的意思是我希望snakemake不要尝试连接这两条规则。

def get_files_somatic(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    return ["{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case),"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(control)]

rule all:
    input: expand("{sample}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",sample=create_tumor()),
           expand("Results/vcf/{case}.vcf",case=create_tumor()),

include_prefix="rules"

include:
    include_prefix + "/gatk2.rules"
include:
    include_prefix + "/mutec2.rules"


rule gatk_Mutect2:
    input: get_files_somatic,
    output: "Results/vcf/{case}.vcf",
    params:
    log: "logs/{case}.mutect2.log"
    threads: 8
    shell:

rule gatk_IndelRealigner:
    input:
        get_files,
    output:
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam",
       "{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bai",
    params:
    log:
        "mapped_reads/merged_samples/logs/{case}_indel_realign_2.log"
    threads: 8
    shell:

def get_files(wildcards):
    case = wildcards.case
    control = aCondition[case][0]
    wildcards.control = control
    return ["mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(case), "mapped_reads/merged_samples/{}.sorted.dup.reca.bam".format(control),"mapped_reads/merged_samples/operation/{}_{}.realign.intervals".format(case,control)]

Answer 1

我不确定我是否真的理解你的问题。例如，我不明白你的意思＆＃34;每个案例都有正常的＆＃34;。

但我可以看到gatk_IndelRealigner（"{case}.sorted.dup.reca.cleaned.bam"）的输出恰好与get_files_somatic（"{}.sorted.dup.reca.cleaned.bam".format(case)的结果之一相同，其中{ {1}}是case）。

这就是为什么wildcards.case获得＆＃34;连接＆＃34;到gatk_Mutect2。

snakemake的本质是根据输入和输出之间的文件名匹配来连接规则。

如果您不希望链接这两个规则，则需要使用不同的文件名。

snakemake：处理规则连接错误模式的另一个规则

1 个答案: