Question

我是一个Makefile新手，我想用它来更改时间戳时渲染Rmarkdown文件，以生成相应的.pdf文件。文件data_prep_1.Rmd将呈现为.pdf，并另外生成输出文件all_sample_data.csv。更改data_prep_1.Rmd（或更改其时间戳）时，应该重新呈现它，../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd和distance_matrices.Rmd应该重新呈现，因为它们依赖于.csv文件。如果../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd的时间戳相对于其.pdf更改，则只应重新呈现此.Rmd文件。

将all：和.pdf和.csv文件放在第一行将导致每次调用make时都会运行两个块。
我有：

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
    Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
    Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

如果我执行touch data_prep_1.Rmd，然后make，则第一个块会根据需要运行但是如果我touch ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd，那么make

我得到make: '../../data/all_sample_data.csv is up to date'。

我知道这是对Makefile的笨拙使用，但我怎样才能在单个Makefile中获得我想要的行为？

Answer 1

上述评论令人困惑，但隐藏答案。

当make运行时，它不会尝试在makefile中构建每个目标。相反，它只尝试在makefile中构建第一个目标。在你的makefile中，第一个目标是../../data/all_sample_data.csv，因此唯一的目标make将尝试构建。

您可以通过将其添加到命令行来构建其他目标;例如make ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf。

如果您总是想要一组特定目标，那么您将创建一个新目标作为makefile中的第一个目标，该目标列出了您要创建的所有其他目标作为先决条件。按照惯例，但只有惯例，该目标通常称为all。所以它看起来像这样：

all: ../../data/all_sample_data.csv ../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

../../data/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('data_prep_1.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

../bioinformatics/Reads_by_sample.pdf :  ../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('../bioinformatics/Reads_by_sample.Rmd')"

.PHONY不是必需的，但很有用，它告诉make all不是真正的文件，而只是makefile中的虚拟目标。

您还应该考虑创建一些make变量并使用automatic variables来简化您的makefile，例如：

BIODIR := ../bioinformatics
DATADIR := ../../data

all: $(DATADIR)/all_sample_data.csv $(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf
.PHONY: all

$(DATADIR)/all_sample_data.csv : data_prep_1.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('$(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd')"
        Rscript -e "rmarkdown::render('distance_matrices.Rmd')"

$(BIODIR)/Reads_by_sample.pdf :  $(BIODIR)/Reads_by_sample.Rmd
        Rscript -e "rmarkdown::render('$<')"

如果你有很多这类文件，你可以进一步使用模式规则等。

此外， 您的第一个目标不仅取决于data_prep_1.Rmd，还取决于distance_matrices.Rmd和Reads_by_sample.Rmd;如果有任何改变，你不想重建吗？

用于条件渲染Rmarkdown文件的Makefile

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