将awk(或sed)输出分配给变量shell脚本

时间:2017-11-08 10:51:46

标签: bash shell variables awk sed

我确实找到了这个问题的答案,我不明白为什么对他人来说似乎有用的东西对我不起作用。 我有一个带有样本名称列表的文本文件。我想单独提取这些样本名称并将其分配给变量,以便运行数组作业。

该文件是samples.txt:

sample_id_a
sample_id_b
sample_id_c

使用命令:

qsub -t 1-3 test_job.sh

我的脚本如下:使用任务ID索引,我想检索第x行的样本ID并将其分配给VAR,然后打印它。

#!/bin/bash

echo "The increment is ${SGE_TASK_ID}"

VAR=$(awk 'NR==${SGE_TASK_ID}' samples.txt)

echo " The sample is ${VAR}"

输出为:(此处为输出编号1的示例)

The increment is 1
The sample is

所以SGE_TASK_ID是正确的,但我无法检索并回显我的.txt文件中的相应字符串。

谢谢你, 卡米尔

0 个答案:

没有答案