RMarkdown中的参数化报告 - 如何一次询问参数？

Question

我目前正在尝试利用参数化报告来允许用户输入数据集（以及一些感兴趣的变量），然后将其输入到执行和输出各种分析的R脚本中。这些数据集将包含有关多个主题的信息，目标是为数据集中的每个主题生成一个报告。因此，我利用for循环遍历数据集中的用户名（称为map）。然后我输入一个.Rmd文件，该文件负责大部分分析。 for循环实际上是指50个左右的主题的.Rmd文件，并输出50个左右的报告。

  

for（id in unique（map $ UserName））{

     

#一堆代码用于处理

     

render（input =＆＃34; ../ lib / scripthtml.Rmd＆＃34;，output_file = paste0（＆＃39; report。＆＃39;，   id，＆＃39; .html＆＃39;），＆＃34; html_document＆＃34;，            output_dir =＆＃34; Script_output＆＃34;，params =＆＃34; ask＆＃34;）}

我目前正在尝试做的是尝试利用Shiny中的参数化报告来允许用户输入他们自己的数据集（地图）。因此，我在渲染步骤中指定了一个参数并使用了params = ask。主要问题在于：

由于渲染步骤在for循环下，因此它基本上针对每个主题运行。因此，params要求界面加载50次，要求用户每次都提供他们的数据集。

无论如何我可以避免这种情况吗？如何让用户将其数据集文件作为参数提供，然后将其用于所有50个报告？

Answer 1

您的所有变量都可以在render命令中传递，我目前为成千上万的报告执行此操作。

.Rmd模板的YAML

这可能包括某些参数的默认值，具体取决于您的要求，为了说明的目的，我在这里将它们留作空字符串。

---
params:
  var1: ""
  var2: ""
  var3: ""
---

正在加载数据集

在闪亮的情况下，您可以输入一次文件，然后重复使用每个报告。在下一节中将数据框的元素传递给render命令。

用于循环渲染的伪代码

for (i in 1:n) {

  rmarkdown::render(
    "template.Rmd",
    params = list(
      var1 = df$var1[i],
      var2 = df$var2[i],
      var3 = df$var3[i]
    ),
    output_file = out_file
  )

}

注意：在闪亮的应用程序中，您需要使用df()$var1，假设文件输入将成为反应函数。

然后，您可以使用params$var1约定在整个模板中使用参数。