Question

我构建了一个R包，它使用Rcpp并链接到第三方共享对象（libbarraopt.so）（它还链接到其自己目录中的其他共享对象，如liboptsrvr.so）。为了确保它能够找到它链接的那些共享对象，我将以下变量放在~/.Renviron中：

BARRA_OPS_HOME=${HOME}/bin/BarraOptimizer8.5

在包中，我创建了以下src/Makevars：

BARRA_LIB=$(BARRA_OPS_HOME)/lib/intel64
BARRA_INCLUDE=$(BARRA_OPS_HOME)/include
PKG_CXXFLAGS=-I$(BARRA_INCLUDE)
PKG_CFLAGS=-I$(BARRA_INCLUDE)
PKG_LIBS=-L$(BARRA_LIB) -Wl,-R,$(BARRA_LIB) -lbarraopt

在Ubuntu 16.04下，我可以成功构建，加载和使用包，没有任何问题。但是，当我将操作系统升级到17.10时测试完全相同的软件包时，可以构建软件包，但无法加载，说：

g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/renkun/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include"   -I/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
** libs
g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/renkun/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include"   -I/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/include -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c barraopt.cpp -o barraopt.o
g++ -std=gnu++11 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o barraopt.so RcppExports.o barraopt.o -L/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64 -Wl,-R,/home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64 -lbarraopt -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /tmp/Rtmpvbb6Io/devtools_install_42a342a07f84/barraopt/libs
* DONE (barraopt)
Error in dyn.load(dllfile) : 
  unable to load shared object '/home/renkun/Workspaces/barraopt/src/barraopt.so':
  liboptsrvr.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Calls: suppressPackageStartupMessages ... <Anonymous> -> load_all -> load_dll -> library.dynam2 -> dyn.load
Execution halted

Exited with status 1.

似乎-Wl,-rpath在这里无效。

在使用Ubuntu 16.04的计算机下，ldd src/barraopt.so显示已纠正所有动态链接已解决。（BARRA_OPS_HOME = /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5）

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffc89a16000)
libbarraopt.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbarraopt.so (0x00007f85dae49000)
libimf.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libimf.so (0x00007f85da97f000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f85da346000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f85d9fc4000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f85d9dae000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f85d99e3000)
liboptsrvr.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/liboptsrvr.so (0x00007f85d7b10000)
libopsproto.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libopsproto.so (0x00007f85d77a1000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f85d7497000)
libintlc.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libintlc.so.5 (0x00007f85d7249000)
libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f85d6fe8000)
libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f85d6da1000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f85d6b31000)
liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f85d690f000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f85d66fe000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f85d64e4000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f85d62dc000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f85d60d7000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f85d5eb5000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f85d5c98000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x000055fb75088000)
libifcore.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libifcore.so.5 (0x00007f85d5961000)
libifport.so.5 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libifport.so.5 (0x00007f85d5732000)
libsvml.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libsvml.so (0x00007f85d4e6d000)
libmosek64.so.7.0 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libmosek64.so.7.0 (0x00007f85d3c63000)
libiomp5.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libiomp5.so (0x00007f85d396b000)
libprotobuf.so.6 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libprotobuf.so.6 (0x00007f85d3668000)
libbridge_common.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbridge_common.so (0x00007f85d3417000)
libsharc_xmlxproto.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libsharc_xmlxproto.so (0x00007f85d31a4000)
libboost_thread.so.1.49.0 => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libboost_thread.so.1.49.0 (0x00007f85d2f8a000)
libopenblas.so.0 => /usr/lib/libopenblas.so.0 (0x00007f85d0ef5000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f85d0ccc000)
libxerces-c-3.1.so => /home/ken/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libxerces-c-3.1.so (0x00007f85d07c4000)
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f85d0499000)
libnsl.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libnsl.so.1 (0x00007f85d027f000)
libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f85d0040000)

但是，使用相同的来源，在Ubuntu 17.10下，ldd显示即使libbarraopt.so已合并，也无法解析共享对象-Wl,-rpath链接：（BARRA_OPS_HOME = /home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5 ）

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffe067f5000)
libbarraopt.so => /home/renkun/bin/BarraOptimizer8.5/lib/intel64/libbarraopt.so (0x00007f3dc5f0c000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f3dc58e4000)
libstdc++.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6 (0x00007f3dc555e000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f3dc5208000)
libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f3dc4ff1000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f3dc4c11000)
liboptsrvr.so => not found
libopsproto.so => not found
libblas.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3 (0x00007f3dc49b6000)
libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f3dc4770000)
libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f3dc44fe000)
liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f3dc42d8000)
libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f3dc40c8000)
libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f3dc3eab000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f3dc3ca3000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f3dc3a9f000)
libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f3dc3870000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f3dc3651000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f3dc6526000)
libopenblas.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenblas.so.0 (0x00007f3dc13ab000)
libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f3dc1182000)
libgfortran.so.4 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.4 (0x00007f3dc0da3000)
libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f3dc0b63000)

看起来只有libbarraopt.so与正确的路径相关联，但它所链接的共享对象丢失了。

我想知道我的构建配置在17.10发布的工具链下会出现什么问题。尽管使用诸如ldconfig之类的全局配置可以解决此类问题，但我不愿意这样做，因为它依赖的某些.so与操作系统发布的版本存在冲突。我宁愿使用本地配置的版本而不影响全局配置。

Answer 1

似乎-Wl，-rpath在这里没有效果。

可能发生的是您更新的链接器发出DT_RUNPATH动态标记，其中旧链接器发出DT_RPATH。（你的旧链接器也可能是GNU-ld，新的链接器是Gold。）

DT_RUNPATH首选更正确，并影响二进制文件本身的搜索路径，但不影响任何依赖库的搜索路径。

DT_RPATH具有全局效果，类似于将目录添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量。

您可以使用以下代码进行验证：readelf -d a.out | grep 'R.*PATH'。

如果您确实看到了RPATH与RUNPATH之间的区别，并且事实上正在使用Gold，那么您可以使用-Wl,--disable-new-dtags强制执行“旧”行为（GNU ld最近添加了--disable-new-dtags，所以它应该适用于任何一个链接器。）

使用rpath的动态链接无法在Ubuntu 17.10下运行

1 个答案: