Question

我希望在awk的每一行上打印$ fname以获取以下内容：

for fname in $(ls *.bam | cut -c -9 | uniq)
    do
    echo $fname
    samtools depth  -a "$fname".bam | awk '{sum+=$3} END {print "Average = ", sum/NR}' >> mean.depth
    done

当前输出：

$ less mean.depth  
    Average =  5.40089
    Average =  4.68387

期望的输出：

$ less mean.depth  
    FILENAME1 Average =  5.40089
    FILENAME2 Average =  4.68387

这样输出平均深度是可追踪的。我已经尝试了FILENAME和各种各样的事情，但没有取得成功。谢谢！

Answer 1

解

改编自this answer

使用awk -v var=定义shell变量$ fname，然后使用END {print var

打印它

samtools depth  -a "$fname".bam | awk -v var=$fname '{sum+=$3} END {print var, " = ", sum/NR}' >> mean.depth

在管道awk输出上打印循环输入文件名

1 个答案: