编译Rcpp代码会产生分段错误

时间:2017-11-02 11:42:40

标签: rcpp

我想跟踪我的Rcpp代码中的分段错误。为此,我想实现一个" main" C ++函数并使用GDB运行我的代码。但我不能使这个主要功能工作。这是一个最小的例子:

#include <Rcpp.h>

int main (int argc, char** argv) {
    Rcp::NumericVector i;
    return 0;
};

我使用Rcpp使用的标志来编译代码:g++ -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I"/home/login/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include" -fpic -g -ggdb -O0 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-6WVosl/r-base-3.3.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -c main.cpp -o main.o

然后g++ -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o main main.o -L/usr/lib/R/lib -lR -g -ggdb -O0

(我尝试了几种方法:删除fpic-Wl。)

运行main会给我一个分段错误。

GDB回溯让我

#0  0x00007ffff78f5ac5 in ?? () from /usr/lib/libR.so
#1  0x00007ffff78f6a17 in ?? () from /usr/lib/libR.so
#2  0x00007ffff78f70ad in Rf_allocVector3 () from /usr/lib/libR.so
#3  0x0000555555556856 in Rcpp::Vector<14, Rcpp::PreserveStorage>::Vector (this=0x7fffffffe1e0) at /home/login/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/Rcpp/include/Rcpp/vector/Vector.h:58
#4  0x00005555555560ec in main (argc=1, argv=0x7fffffffe2f8) at main.cpp:7

Valgrind在同一个地方建议Invalid read of size 8

欢迎任何建议。

g ++是(Ubuntu 6.3.0-12ubuntu2) 6.3.0 20170406。计算机是Linux XXX 4.10.0-38-generic #42-Ubuntu SMP Tue Oct 10 13:24:27 UTC 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

对于带有基础R会话的Rcpp代码,您无法在gdb上使用main()所有 R对象都需要R。

所以要么使用gdb从R调试你的软件包 - 如described in Section 4.4 of Writing R Extensions那样,或者如果你真的认为你需要一个main,请使用RInside

可以使用gdb。只是没有你如何尝试。