2018年8月更新

Question

我想以编程方式将工作目录设置为当前脚本的路径，但首先我需要获取当前脚本的路径。

所以我希望能够做到：

current_path = ...retrieve the path of current script ...
setwd(current_path)

就像RStudio菜单一样：

到目前为止，我试过了：

initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)

script.name 返回NULL

source("script.R", chdir = TRUE)

返回：文件错误（文件名，“r”，编码=编码）：无法打开连接另外：警告消息：在文件中（文件名，“r”， encoding = encoding）：无法打开文件'/script.R'：没有这样的文件或目录

dirname(parent.frame(2)$ofile)

返回：dirname中的错误（parent.frame（2）$ ofile）：预期的字符向量参数 ...因为parent.frame为空

frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

返回：空，因为frame_files是0
的列表

thisFile <- function() {
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        # 'source'd via R console
        return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
    }
}

返回：path.expand（路径）出错：无效的'path'参数

我也看到here，here，here和here的所有答案。没有快乐。

使用RStudio 1.1.383

编辑：如果不需要外部库来实现这一点，那就太棒了。

Answer 1

在RStudio中，您可以使用

获取当前在源窗格中显示的文件的路径

rstudioapi::getSourceEditorContext()$path

如果您只想要目录，请使用

dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)

如果您想要source(filename)运行的文件的名称，那就更难了。您需要在堆栈中的某处查找变量srcfile。多远取决于你如何写东西，但它大约是后退4步：例如，

fi <- tempfile()
writeLines("f()", fi)
f <- function() print(sys.frame(-4)$srcfile)
source(fi)
fi

应该在最后两行打印相同的内容。

Answer 2

2018年8月更新

TLDR ：here包可帮助您从项目的根文件夹构建路径，无论存储R脚本或Rmd文档的文件夹位于何处。

CRAN上仍然可以使用here包。开发版本已移至github.com/r-lib/here。下面引用的网站中提到的要点仍然有效。

上一个回答

阅读Ode to the here package：

  你是这样的：      你的脚本中有setwd（）吗？请停止这样做。           这使得您的脚本非常脆弱，只需一次就能完成硬连接。只要重命名或移动目录，它就会中断。或者你可能得到一台新电脑？或者也许其他人需要运行您的代码？

[...]

经典问题演示：围绕构建路径和/或在具有子目录的项目中设置工作目录的尴尬。特别是如果你使用R Markdown和knitr，它会以很多人的默认行为“工作目录=这个文件所在的目录”来绊倒很多人。 [...]

安装here包：

install.packages("here")
library(here)
here()
here("construct","a","path")

here()功能的文档：

在程序包加载期间从当前工作目录开始，   这里将向上遍历目录层次结构，直到找到它为止   满足以下至少一个条件的目录：


包含匹配[。] Rproj $的文件，其内容与^ Version：in匹配   第一行

[......其他选项......]

包含目录.git


一旦建立，根目录在活动期间不会更改   R会话。 here（）然后将参数附加到根目录。

here package is available on github的开发版本。

Answer 3

如果您通过命令行等运行Rscript

Rscript /path/to/script.R

下面的函数会将this_file分配给/path/to/script

library(tidyverse)
get_this_file <- function(){
    commandArgs() %>% 
       tibble::as.tibble() %>%
       tidyr::separate(col=value, into=c("key", "value"), sep="=", fill='right') %>%
       dplyr::filter(key == "--file") %>%
       dplyr::pull(value)
}
this_file <- get_this_file()

Answer 4

2019年3月更新

基于Alexis Lucattini和user2554330的答案，使其可以在命令行和RStudio上使用。还解决了“ as_tibble”弃用消息

library(tidyverse)
getCurrentFileLocation <-  function()
{
    this_file <- commandArgs() %>% 
    tibble::enframe(name = NULL) %>%
    tidyr::separate(col=value, into=c("key", "value"), sep="=", fill='right') %>%
    dplyr::filter(key == "--file") %>%
    dplyr::pull(value)
    if (length(this_file)==0)
    {
      this_file <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
    }
    return(dirname(this_file))
}

Answer 5

获取当前脚本路径的另一个选项是$fname = preg_replace('/\s+/', '_', $fname); // output : document_(1).pdf you get this output... // Or Removing All special characters and spaces from filename $fname = preg_replace("/[^a-z0-9\_\-\.]/i", '', $fname); // output : document_1.pdf you get this output...，您不需要使用RStudio运行脚本。

Answer 6

我遇到了所有这些麻烦，因为它们依赖于直到设置了工作目录后才使用的库（由于packrat的原因）（这就是为什么我需要获得开始的路径）。

因此，这是一种仅使用基数R的方法（已编辑，除了/路径外还处理Windows \字符）

## Solution for A_Loc1 and B_Loc1
## Convert all date columns to datetime, replace with NaN if error
df['A_Date1'] = pd.to_datetime(df['A_Date1'], errors ="coerce")
df['B_Date1'] = pd.to_datetime(df['B_Date1'], errors ="coerce")

# Add Result column
df.insert(loc=0, column="Result", value=np.nan)

# groupby Cust_ID and Site, then fill A_Date1 forward and back 
df['A_Date1'] = df.groupby(['Cust_ID','Site'], sort=False)['A_Date1'].apply(lambda x: x.ffill().bfill())

# Perform comparison
df.loc[(((df["A_Date1"].notna()) & (df["B_Date1"].notna()))
        & ((df["A_Date1"]) > (df["B_Date1"]))), 
       "Result"] = "Fail"

Answer 7

以下内容可在三种情况下解决该问题：RStudio源代码按钮，RStudio R控制台（如果文件仍在“源”窗格中，则为source(...)或通过Rscript的OS控制台：

this_file = gsub("--file=", "", commandArgs()[grepl("--file", commandArgs())])
if (length(this_file) > 0){
  wd <- paste(head(strsplit(this_file, '[/|\\]')[[1]], -1), collapse = .Platform$file.sep)
}else{
  wd <- dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)
}

print(wd)

Answer 8

如果您是从Rstudio或使用Rscript命令从命令行运行的Rscript，则以下代码提供了正在运行的Rscript的目录：

if (rstudioapi::isAvailable()) {
  if (require('rstudioapi') != TRUE) {
    install.packages('rstudioapi')
  }else{
    library(rstudioapi) # load it
  }
 wdir <- dirname(getActiveDocumentContext()$path)
}else{
 wdir <- getwd()
}

setwd(wdir)

Answer 9

这是一个自定义函数，用于在R，RStudio或Rscript中获取文件的路径：

stub <- function() {}
thisPath <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  if (length(grep("^-f$", cmdArgs)) > 0) {
    # R console option
    normalizePath(dirname(cmdArgs[grep("^-f", cmdArgs) + 1]))[1]
  } else if (length(grep("^--file=", cmdArgs)) > 0) {
    # Rscript/R console option
    scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", cmdArgs[grep("^--file=", cmdArgs)])))[1]
  } else if (Sys.getenv("RSTUDIO") == "1") {
    # RStudio
    dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)
  } else if (is.null(attr(stub, "srcref")) == FALSE) {
    # 'source'd via R console
    dirname(normalizePath(attr(attr(stub, "srcref"), "srcfile")$filename))
  } else {
    stop("Cannot find file path")
  }
}

https://gist.github.com/jasonsychau/ff6bc78a33bf3fd1c6bd4fa78bbf42e7

Answer 10

如果您不想使用（或必须记住）代码，只需将鼠标悬停在脚本上，路径就会出现

获取当前脚本的路径

10 个答案:

2018年8月更新

上一个回答