Question

我的文件列表如下：

12as.pdb
132l.pdb
135l.pdb
13pk.pdb

我有这样的命令：

awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} ($1$2 in a) {print $1,$2,a[$1$2],$3}' file1 file2

我想编写一个循环bash，如下所示成对生成此命令：

   awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} ($1$2 in a) {print $1,$2,a[$1$2],$3}' 12as.pdb 132l.pdb

   awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} ($1$2 in a) {print $1,$2,a[$1$2],$3}' 12as.pdb 135l.pdb

  awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} ($1$2 in a) {print $1,$2,a[$1$2],$3}' 12as.pdb  13pk.pdb

任何人都可以写这个bash脚本并帮助我吗？

Answer 1

以下是一个脚本示例，您可以将其作为一个启动程序，让我知道它是如何进行的。由于您还没有让我们了解有关示例Input_file和输出的大量信息，因此根据您的问题，这里是答案，尽管多次创建awks我们可以为它创建一个函数。

#!/bin/bash
CHECK (){
 awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} ($1$2 in a) {print $1,$2,a[$1$2],$3}' "$1"  "$2"
}

CHECK 12as.pdb 132l.pdb
CHECK 12as.pdb 135l.pdb
CHECK 12as.pdb 13pk.pdb

因此逻辑是创建一个函数put awk代码并将文件名作为参数传递给它，并使用您想要传递的不同文件名调用该函数。

Answer 2

因为只有你的第二个文件是bash循环中的变量

for f in {1321,1351,13pk}.pdb; 
do
   awk '....' 12as.pdb $f;  
done

还在awk脚本中将[$1$2]改为[$1,$2]和$1$2 in a改为($1,$2) in a，除非您知道自己在做什么

awk命令循环

2 个答案: