使用srun设置sbatch环境变量

Question

在blog post by Pierre Lindenbaum中，在srun内调用Makefile来运行作业。我依赖这种技术，但它根本不使用sbatch，所以我错过了设置sbatch的机会 - 就像环境变量一样。我在哪里可以提出以下内容，以便SLURM知道该怎么做？

#SBATCH -J testing
#SBATCH -A account
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --begin=now
#SBATCH --mem=1G
#SBATCH -C sb

Answer 1

srun命令几乎接受所有sbatch个参数（--array除外）。在引用的博客文章中，这些参数设置在以下行：

.SHELLFLAGS= -N1 -n1  bash -c 

所以你要写

.SHELLFLAGS= -J testing  -A account  --time=1:00:00 --cpus-per-task --begin=now --mem=1G -C sb bash -c 

请注意，如果您指定--cpu-per-task=1，并保留一个任务的默认值，则可能意味着您的设置中共享了节点;在这种情况下，--mem-per-cpu=1G比--mem=1G

更有意义