Question

我正在尝试从ggplots列表生成ggplots网格的多页pdf。我已经尝试了很多方法来做到这一点并没有成功。这是一个可重复的等同于我一直在使用的东西：

library(ggplot2)

# generate a data frame w same structure as the one I'm working with
time <- c(1:10)
veclist <- list()
veclist[[1]] <- time

for (i in 2:25){
  veclist[[i]] <- as.vector(c(runif(10,-2,2)))
}

d <- as.data.frame(do.call(rbind, veclist))
d <- as.data.frame(t(d))

colnames(d)[1] <- "time"
for (i in 2:length(d)){
  colnames(d)[i] <- paste("name",i,sep=" ")
}

# for a common axis
numericvalues <- d[,2:length(d)]

# generate plot(s)

name_list = paste("`",names(d),"`",sep="")

plot_list = list()
for (i in 2:length(d)) {
  p = ggplot(d, aes_string(x=name_list[[1]], y=name_list[[i]])) +
    geom_point() +
    labs(x="time",title=paste(strwrap(names(d[i]), width = 30),collapse = "\n")) +
    theme(plot.title = element_text(size=10,hjust = 0.5),axis.text.x=element_text(size=6)) +
    coord_cartesian(ylim = c(min(numericvalues, na.rm = TRUE), max(numericvalues, na.rm = TRUE)))
  plot_list[[i]] = p
}

我正在寻找的是在plot_list中生成多页pdf网格图（理想情况下每页有3列，每行4行）。

我尝试过的一些事情：

pdf("test.pdf")
do.call("marrangeGrob",c(plot_list,ncol=3,nrow=2))

生成一个不可读的pdf文件。

pdf("test.pdf")
do.call("grid.arrange",c(plot_list))

只返回＆＃39; grobs＆＃39;允许进入＆＃34; gList＆＃34;错误。

Answer 1

这个产生多页布局：

library(gridExtra)
...
plot_list = list()
for (i in 2:length(d)) {
  p = ggplot(...)
  plot_list[[i]] = ggplotGrob(p)
}
class(plot_list) <- c("arrangelist", class(plot_list))
ggsave("multipage.pdf", plot_list)

Answer 2

你的情节清单似乎有一个缺失的项目。这是一个最小的例子

library(ggplot2)

pl <- replicate(13, ggplot(), simplify = FALSE)

ggsave("mp.pdf", gridExtra::marrangeGrob(grobs = pl, nrow=3, ncol=2))

注意：

您遗失了dev.off()因此无效的pdf
do.call，使用grobs参数

Answer 3

以下是gridExtra和tidyr

的解决方案

（i）将宽数据转换为长格式，并根据每个名称拆分成data.frame列表：

library(tidyr)
df <- d %>% gather(var, val, -time)
df_list <- split(df, df$var)

（ii）使用lapply函数绘制每个名称

plots <- lapply(names(df_list), function(x){
               ggplot(df_list[[x]], aes(time, val)) + 
               geom_point() + 
               labs(x="time", title=x)
               })

（iii）使用gridExtra在pdf的两页上打印12个图：

library(gridExtra)
pdf("something.pdf")
do.call(grid.arrange, c(plots[1:12], nrow=4))
do.call(grid.arrange, c(plots[13:24], nrow=4))
dev.off()

生成ggplot图的网格的多页pdf文件

3 个答案: