Question

我有这个矩阵

    map1.forEach( (key, value) -> { if(checkKey(key)) map3.put(key, value); });

我需要编写一个函数来检测给定序列是否是DNA（只有“C”，“G”，“A”和“T”字母）或RNA（只有“C”，“G”） “，”A“和”U“字母）。

如果是DNA序列，则功能应该是：
1.打印“Seq is DNA，转换为RNA ..”;
2.通过将字母“T”替换为“U”将其转换为RNA，并将结果保存到 seq.mat 对象的 RNASeq 列。

如果是RNA序列，则功能应该是：
1.打印“Seq is RNA”;
2.将序列的值保存到 seq.mat 对象的 RNASeq 列。

我知道这很邋but但是我在考虑这样的事情......

$comment = ($input -split "`r?`n") | Where-Object { $_.Trim() -ne "" }

虽然我在使用这个函数时遇到了很多麻烦...然后可能会将函数应用于saq.mat。或者将函数应用于seq.mat。

Answer 1

您的功能有几个问题。我相信我已经解决了这些问题，而且它现在完成了你在问题中所描述的内容。

DNA.RNA = function(x) {
    gr <- grepl("[^ACGT]", x[, 2])
    sapply(gr, function(y){
        if(y) print("Seq is RNA") else print("Seq is DNA, converting to RNA..")
    })
    x[, 3] = gsub("T", "U", x[, 2])
    x
}

seq.mat.result <- DNA.RNA(seq.mat)

改变矩阵并打印R中的变化

1 个答案: