为什么R笔记本在＆＃34; html_notebook＆＃34;中显示截断的行？输出？

Question

我有一个名为＆＃34; test.Rmd＆＃34;具有以下内容：

---
title: "R Notebook"
output: html_notebook
---
```{sh}
faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit
```

然后rstudio将创建＆＃34; test.nb.html＆＃34;自动。但是，代码块在html中错误地显示：

它只显示bit，而不是整行（faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit）。我的.Rmd有什么问题吗？

Answer 1

我不熟悉您正在运行的shell命令，但是，似乎语言引擎与显示它的方式相混淆。

鉴于表单是faToTwoBit in.fa [in2.fa in3.fa ...] out.2bit，我建议明确说明引擎。

---
title: "R Notebook"
output: html_notebook
---

```{test1, engine="sh"}
faToTwoBit dmel-all-chromosome-r6.04.fasta dmel-all-chromosome-r6.04.2bit
```

您还可以在github上提出问题，以便他们能够提供更持久的解决方案。