当我的数据输入很大时,我正在使用BioPython。函数pylab.savefig
生成带有折叠的分类轴的png
数字。
以下是生成数字的代码:
def generate_img():
def get_label(leaf):
return leaf.name
f = filepath
tree = Phylo.read(f, 'newick')
#tree.ladderize() # Flip branches so deeper clades are displayed at top
Phylo.draw(tree, label_func=get_label, do_show=False, branch_labels=lambda c: c.branch_length)
# axis management
pylab.axis('on')
pylab.savefig('output.png', format='png', bbox_inches='tight', dpi=100, bbox_extra_artists=[])
结果输出:
我的例外输出如下: