将多个不同的功能合并为一个,在R中一次运行

时间:2017-10-27 23:37:12

标签: r

我有这个代码创建一个随机序列。

  `$seq.mat <- matrix(NA, nrow=20, ncol=2)
   colnames(seq.mat) <- c("SmapleID","Sequence")
   set.seed(123)
   for (i in 1:nrow(seq.mat)) {
   seq.mat[i,1] <- paste0("Sample_", i)
   seq.mat[i,2] <- paste(sample(c("C","G","A","T"), size=1000, replace = 
   TRUE), collapse="")
   }
   seq.mat <- cbind(seq.mat, RNASeq=NA, Seq.Count=NA)`

我如何使用这3个?功能在一起我想一个“多功能”可以一次运行吗?

  `$DNA.RNA = function(check.string){
   grep = grepl("[^ACGT]",seq.mat[1:20,2])
   DNAorRNA = ifelse(grep == "FALSE", print("Seq is DNA, converting to 
   RNA.."), print("Seq is RNA"))
   DNAorRNA = as.list(DNAorRNA)
   DNAorRNA
   }
   new.dat = gsub("T", "U", seq.mat[,2])
   replaceDNA = function(replDNA){
   seq.mat[,3] = new.dat
   }`

我想把“new.dat”放到一个函数中(这就是我说3个函数的原因)但是我无法让gsub将数据放入seq.mat [,3]。有没有办法做到这一点,然后只结合2个功能?

我可以将它作为一个独立的代码运行,但我想把它放在一个函数中。如果我只是将“seq.mat [,3]&lt; - gsub(”T“,”U“,seq.mat [,2])”添加到原始函数中它不起作用,打印部件只打印一个线。

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