我尝试使用circlize
包创建一个circos图,其中外部轨道具有唯一的扇区名称(10个名称),并且在每个唯一的扇区内,有两类文件类型。这两个类别对于10个名称中的每一个都是相同的(最终目标是通过方向链接显示转换文件类型时组合的文件)。
这是我的代码到目前为止的简化版本,它产生了更大的轨道以及显示我尝试要执行的内部轨道(但是" FileType1"和" FileType2"应该在两个独立的扇区中,以允许链接到每个扇区。
library(circlize)
fileFrom <- paste0("Category", LETTERS[1:10])
f1 = factor(fileFrom)
circos.initialize(factors = f1, xlim = c(0,1))
# create main track (10 categories)
circos.track(ylim = c(0,1),
panel.fun = function(x, y) {
sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
xcenter = get.cell.meta.data("xcenter")
ycenter = get.cell.meta.data("ycenter")
circos.text(xcenter, ycenter,
sector.index,
niceFacing = TRUE,
cex = 1.3,
facing = "bending.inside")
}
)
# create ICARTT/netCDF track
f2 <- factor(rep(c("ICARTT","netCDF"), 5)) # list of labels
circos.track(ylim = c(0, 1), factors = f1, track.height=0.1,
panel.fun = function(x, y) {
name = "FileType1 FileType2"
xcenter = get.cell.meta.data("xcenter")
ycenter = get.cell.meta.data("ycenter")
circos.text(xcenter, ycenter,
niceFacing = TRUE,
labels=name,
cex=0.6,
facing = bending.inside)}
)
第二首曲目只接受已经存在的因素,因此我尝试使用所有12个类别初始化绘图,只调用与每个曲目相关的曲线,但在图中留下了漏洞。
我不确定是否可以&#34; true&#34;多个轨道的扇区,所以我试着在内部轨道的外部做一个&#34;突出显示&#34; (基于this question),但似乎相同的因子名称正在绊倒我(最终只有两个扇区的情节)。
我还考虑将两个单独的图组合在一起,在circlize一书的第6.3节中提到,但我仍然不知道如何创建具有相同名称的单独扇区。我也不确定如何指定链接源和目标(可能是sector.numeric.index?)
提前感谢您的帮助。