Question

我发现尽管Cytoscape（版本3.5）可以以graphml格式导入网络文件，但它无法读取graphml格式网络文件中的节点和边缘属性。例如，应显示以下graphml格式网络，其中节点为彩色。但是，将graphml格式的网络文件导入Cytoscape时，节点属性（颜色）将丢失。我不知道Cytoscape发生了什么。谁知道如何解决这个问题？

以下以graphml格式显示网络

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns"  
      xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
      xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns 
        http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd">
  <key id="d0" for="node" attr.name="color" attr.type="string">
    <default>yellow</default>
  </key>
  <key id="d1" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/>
  <graph id="G" edgedefault="undirected">
    <node id="n0">
      <data key="d0">green</data>
    </node>
    <node id="n1"/>
    <node id="n2">
      <data key="d0">blue</data>
    </node>
    <node id="n3">
      <data key="d0">red</data>
    </node>
    <node id="n4"/>
    <node id="n5">
      <data key="d0">turquoise</data>
    </node>
    <edge id="e0" source="n0" target="n2">
      <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e1" source="n0" target="n1">
      <data key="d1">1.0</data>
    </edge>
    <edge id="e2" source="n1" target="n3">
      <data key="d1">2.0</data>
    </edge>
    <edge id="e3" source="n3" target="n2"/>
    <edge id="e4" source="n2" target="n4"/>
    <edge id="e5" source="n3" target="n5"/>
    <edge id="e6" source="n5" target="n4">
      <data key="d1">1.1</data>
    </edge>
  </graph>
</graphml>

Answer 1

为了响应graphml键，Cytoscape会为“颜色”创建一列，您可以使用直通映射样式将其映射到实际的节点颜色。问题是可以导入许多可能的列，Cytoscape当然允许导入“颜色”列而不暗示应该是节点颜色。

- 踏板车

Cytoscape无法读取graphml中的node属性

以下以graphml格式显示网络

1 个答案: