编译FSL：'致命错误：libxml ++ / libxml ++。h：没有这样的文件或目录'

时间：2017-10-26 21:50:42

标签： linux makefile compiler-errors libxml2 neuroscience

我知道这已经出现了很多，但我已经查看了所有其他答案，但没有一个与我相关。

我正在尝试从源代码编译神经影像软件FSL（我必须在Linux Distro上支持它）。我已按照所有说明listed here进行了操作，并且大约有80％的编译。然而，有一些模块尚未成功，它们似乎都追溯到试图编译CiftiLib-master的问题。

根据说明，每当我尝试运行'make'命令时，它都会返回：

Makefile:34: warning: overriding recipe for target 'clean'
/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/config/common/rules.mk:32: warning: ignoring old recipe for target 'clean'
gcc -c -Wall -ansi -pedantic -Wno-long-long     -m64  -g -O3 -fexpensive-optimizations -m64  -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/include/boost -g -DCIFTILIB_USE_XMLPP -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/include -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/include/libxml2 -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/include/libxml++-2.6 -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/lib/libxml++-2.6/include -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/extras/include/boost -I./Common -I./Nifti -I./Cifti  -I. -I/include -I/home/thosvarley/Desktop/fslbuild/fsl/include  -o Common/XmlAdapter.o Common/XmlAdapter.cxx
In file included from Common/XmlAdapter.cxx:28:0:
Common/XmlAdapter.h:56:10: fatal error: libxml++/libxml++.h: No such file or directory
 #include "libxml++/libxml++.h"
          ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [Makefile:19: Common/XmlAdapter.o] Error 1

因为我没有尝试编译一个foo.c文件，而是制作一个程序很多我看过的建议似乎不适用于我。我已经安装了其他帖子（libxml2，libxslt1等）中建议的所有各种libxml软件包。

我无法对错误信息做出正面或反面：我根本不熟悉编译C程序（这是我从源代码构建的第一次认真尝试）。如果答案很明显而且我不认识它，请提前道歉。

我在Antergos Linux（Arch内核）上，我认为这可能是问题的来源，因为所有其他在此之后提出要求的人似乎都在使用Debian或Ubuntu。

1 个答案:

答案 0 :(得分：0)

我一直在尝试解决相同的问题。默认情况下，似乎libxml ++与FSL捆绑在一起，并且捆绑的版本无法编译。

解决方案1：安装并使用较旧的编译器（例如GCC 4.8），因为该项目的配置适合那些较旧的编译器

我不能为这种解决方案提供担保，因为我自己还没有尝试过（显然，因为我想让自己的生活变得艰难），但这可能是最好的选择。

解决方案2：手动解决问题

注意：：这不是一个全面的解决方案，但可能会为您指明正确的方向。

您的第一个问题很可能是您默认使用的编译器使用的C ++标准比编写该项目所使用的标准要新。这将导致输入流和输出流到布尔值的隐式转换失败。您可能可以通过弄乱makefile配置中的编译器标志来解决它，但是仅修复代码中有问题的部分可能会更容易。相关行（FSL 5.0.11）是：

- extras/src/libxml++-2.34.0/libxml++/io/istreamparserinputbuffer.cc (line 42)
  return _input;
  SHOULD BE
  return static_cast<bool>(_input);

- extras/src/libxml++-2.34.0/libxml++/io/ostreamoutputbuffer.cc (line 32)
  return _output;
  SHOULD BE
  return static_cast<bool>(_output);

- extras/src/libxml++-2.34.0/libxml++/io/ostreamoutputbuffer.cc (line 39)
  return _output;
  SHOULD BE
  return static_cast<bool>(_output);

根据您要安装的版本，实际的行号可能会有所不同，但可能在相同的常规区域内。

下一个问题是在通用makefile配置中未为INC_XML++，INC_XML++CONF和INC_XML2定义包含路径。这很可能是系统默认的默认设置，因为GCC版本> 4.8没有配置。通过添加以下几行来编辑config/generic/externallibs.mk文件（确切地添加它并不重要）：

# XML++
LIB_XML++ = ${FSLEXTLIB}
INC_XML++ = ${FSLEXTINC}/libxml++-2.6
INC_XML++CONF = ${FSLEXTLIB}/libxml++-2.6/include
INC_XML2 = ${FSLEXTINC}/libxml2

（我很好地添加了LIB_XML ++，因为lib路径是由文件中的其他变量定义的，但是我不是100％肯定是必要的。）

同样，这就是在我的系统上修复它的原因。根据您下载的源代码的版本，您可能会有所不同，但这至少是一个起点。

修复这些错误之后，CiftiLib主目标应进行编译。但是，如果您的系统类似于我的系统，那么这远不是构建过程中的唯一错误。查看build.log文件并搜索error:应该使您对哪些项目导致哪些错误以及修复它们可能需要的错误有一个很好的了解。问题本质上可能与CiftiLib相似。

最后的提示：如果您的libgd项目无法编译，请查看error:消息。它可能会抱怨一些未声明的标识符（IMG_FMT_I420，PLANE_Y，PLANE_U，PLANE_V）。如果为这些标识符加上VPX_前缀，则应该可以使用。失败的原因是由于对库的更新，该库删除了不赞成使用的标识符的定义，从而迫使用户使用较新的前缀标识符。

据我所知。我假设您在一年后仍不会对此感到困扰，但我将其留在此处供后人参考。

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