Question

我正在尝试在spearman相关的基础上创建热图，并使用与spearman相关值对应的树形图。我的输入文件组成如下：

 > data[1:6,1:6]
         group EG   PN        C0      C10     C10.1
    1 Patients 24  729 352.66598 43.80707  75.16226
    2 Patients 24  729 195.48486 17.15763  33.60365
    3 Patients 24  729 106.85937 15.13400  34.47340
    4 Patients 27 1060  76.70645 14.98315  22.09885
    5 Patients 27 1060 354.07169 50.61995  98.36765
    6 Patients 27 1060 331.84956 92.00343 125.46658
> data[150:160,1:6]
       group EG   PN        C0       C10     C10.1
150 Controls 27 1011  99.94756  9.018773 20.207498
151 Controls 30  616 300.20203 25.667548 37.363280
152 Controls 30  616 190.38030 18.811198 46.417332
153 Controls 26  930  79.44666  7.801935  4.569444
154 Controls 24  724 381.74026 39.842241 42.144842
155 Controls 24  724 191.39962 19.008729 31.064398

我能够制作一个简单的相关图，但我想在spearman相关的基础上创建一个独特的热图，其中包含蛋白质和受试者的树状图。有谁知道怎么办？提前谢谢

Answer 1

以下代码显示了使用Spearman排名相关性的交互式热图，以对行和列进行聚类（在本例中为mtcars数据集）。

heatmaply(mtcars, 
    distfun = function(x) as.dist(1 - cor(t(x), method="spearman")))

使用heatmaply R的相关热图

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