Question

我无法在亚马逊深度学习linux AMI上安装mxnet GPU for R。环境变量是如此混乱，任何非专家系统管理员都要弄清楚这是一场噩梦。

第1步：安装大量丢失/损坏的程序和R软件包

sudo yum install R
sudo yum install libxml2-devel   
sudo yum install cairo-devel
sudo yum install giflib-devel
sudo yum install libXt-devel
sudo R
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("igraph/rigraph")
install.packages(‘DiagrammeR’) 
install.packages(‘roxygen2’)
install.packages(‘rgexf’)
install.packages(‘influenceR’)
install.packages(‘Cairo’)
install.packages(“imager”)

第2步：编辑config.mk文件

cd /src/mxnet
cp make/config.mk .
echo "USE_BLAS=openblas" >>config.mk
echo "ADD_CFLAGS += -I/usr/include/openblas" >>config.mk
echo "ADD_LDFLAGS += -lopencv_core -lopencv_imgproc -lopencv_imgcodecs" >>config.mk
echo "USE_CUDA=1" >>config.mk
echo "USE_CUDA_PATH=/usr/local/cuda" >>config.mk
echo "USE_CUDNN=1" >>config.mk

*注意即使设置了USE_CUDA_PATH，它仍然找不到libcudart.so并且需要在make命令中链接（稍后显示）

步骤3：创建新的配置文件，以便make命令可以找到libcudart.so

/etc/ld.so.conf.d/cuda.conf

添加/usr/local/cuda-8.0/lib64

sudo ldconfig

注意这是由nvidia发布的，但绝对没有任何帮助make rpkg

第4步：设置R目录

Rscript -e "install.packages('devtools', repo = 'https://cran.rstudio.com')"
cd R-package
Rscript -e "library(devtools); library(methods); options(repos=c(CRAN='https://cran.rstudio.com'));

install_deps（dependencies = TRUE）＆＃34; cd ..

第5步：制作

cd /src/mxnet
sudo make -j8

结果：

make CXX = g ++ DEPS_PATH = / home / ec2-user / src / mxnet / deps -C / home / ec2-user / src / mxnet / ps-lite ps cd / home / ec2-user / src / mxnet / dmlc-core; make libdmlc.a USE_SSE = 1 config = / home / ec2-user / src / mxnet / config.mk; cd / home / ec2-user / src / mxnet make [1]：输入目录/home/ec2-user/src/mxnet/dmlc-core' make[1]: libdmlc.a＆＃39;已是最新。 make [1]：离开目录/home/ec2-user/src/mxnet/dmlc-core' make[1]: Entering directory / home / ec2-user / src / mxnet / ps-lite＆＃39; make [1]：ps'. make[1]: Leaving directory / home / ec2-user / src / mxnet / ps-lite＆＃39;无法完成任务。 ar crv lib / libmxnet.a

*请注意，即使更改config.mk文件，make命令也始终返回“无需更新”

第6步：尝试制作rpkg

Cd /src/mxnet
Sudo make rpkg

错误：错误：'mxnet'的包或命名空间加载失败： .onLoad在loadNamespace（）中失败，对于＆＃39; mxnet＆＃39;，详情： call：dyn.load（file，DLLpath = DLLpath，...）错误：无法加载共享对象＆＃39; /usr/lib64/R/library/mxnet/libs/libmxnet.so'： libcudart.so.8.0：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录错误：加载失败执行停止错误：加载失败

所以它正在寻找一个不存在的位置：/ usr / lib64 / R / library / mxnet / libs / 当文件实际存在时： /home/ec2-user/src/mxnet/R-package/inst/libs/libmxnet.so 要么 /home/ec2-user/src/mxnet/lib/libmxnet.so

到目前为止我尝试过：

sudo LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64 make rpkg

这将解决缺少的libcudart.so.8.0问题，但它只是替换为： libmklml_intel.so：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录以及原来的'找不到libmxnet.so

还尝试过： 1.实际创建目录（/ usr / lib64 / R / library / mxnet / libs /）然后复制libmxnet.so 结果：同样的错误

将/ home / ec2-user / src / mxnet / R-package / inst / libs /添加到make命令 sudo LD_LIBRARY_PATH = / home / ec2-user / src / mxnet / R-package / inst / libs make rpkg 结果：同样的错误
所有失败的荒谬环境标签：

导出MXNET_HOME = / usr / lib64 / R / library / mxnet / libs / export MXNET_HOME = / usr / lib64 / R / library / mxnet / libs / libmxnet.so
sudo ldconfig / usr / local / cuda / lib64 sudo ln -s / usr / lib64 / R / library / mxnet / libs / usr / lib sudo ln -s /usr/lib64/R/library/mxnet/libs/libmxnet.so / usr / lib sudo ln -s /usr/local/lib/libmklml_intel.so / usr / lib sudo ln -s /usr/local/lib/libiomp5.so / usr / lib sudo ln -s / usr / local / usr / lib export LD_LIBRARY_PATH = / usr / local / cuda-8.0 / lib64 / libcudart.so.8.0 export LD_LIBRARY_PATH = / usr / lib64 / R / library / mxnet / libs / libmxnet.so / usr / lib export LD_LIBRARY_PATH = / usr / local / cuda-8.0 / targets / x86_64-linux / lib /：$ LD_LIBRARY_PATH export LD_LIBRARY_PATH = / usr / local / cuda-8.0 / lib64 / libcudart.so.8.0

在所有这些工作中，因为我在mxnet R包再次崩溃之前简要地让它运行了。我已经放弃了50多个小时进入这个装置，坦率地说这是荒谬的。更难以安装软件，然后编程实际网络....

我没有5年以上的linux系统管理员知识，所以如果你愿意的话请更加有用，然后'修复环境变量'。我可以说明显有什么不对，但不知道'修复环境'变量需要。

最重要的是，即使在成功安装R软件包之后，在将Rstudio服务器的配置文件设置为：rsession-ld-library-path = / opt / local / lib：/ usr / local之前，它仍然无法工作/ CUDA / lib64下

Answer 1

运行任何sudo命令时是否尝试过以下操作。

sudo -E make -j8

这意味着它将以超级用户身份运行时保留env变量。您不必为make添加新的配置文件来查找库。只需使用上面的命令保留env变量即可。

为亚马逊深度学习AMI安装mxnet GPU R软件包的问题

1 个答案: