在Cheetah变量中分配bash命令结果

Question

我目前正在尝试将bash命令的结果放入Cheetah变量中：

#set $name = #echo '$input.element_identifier' + ".phy" | cut -d _ -f 1

＆＃39; $ input.element_identifier＆＃39; 是（一种）指向前一个输入文件名称的链接（我尝试在xml包装器的部分中执行此操作Galaxy，一种生物信息学软件）

我的问题是猎豹不承认＆＃39; $＆＃39;在echo命令中......我尝试了很多其他语法，但问题仍然存在（所以我不知道命令的其余部分是否正确）

这是一个相当具体的问题（与管理和使用Galaxy软件有关），我希望我能说清楚。

由于

Answer 1

您当前的方法有两个错误：

1. #echo不执行操作系统命令，#echo执行Python表达式。

2. #echo没有返回结果，#echo将结果放入输出流（HTML或输出的任何内容）。

要执行操作系统命令，您需要os.system()或subprocess.Popen()。要分配命令的结果，您当然需要捕获命令的标准输出，Popen可以更好地完成任务。

类似的东西：

#import subprocess
#set $name = $subprocess.check_output($input.element_identifier + '.phy | cut -d _ -f 1', shell=True)