Question

当我在EC2（实际上是EC2上的EMR）上显示Debian Lenny的基本图像时，我得到Lenny版本5.0.7并且我能够使用outlined in a previous question方法升级R.升级R后我有版本2.12。

我无法再安装Hmisc软件包。我看到它有一个Debian包，所以我试过了：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-cran-hmisc

这似乎有效，但当我进入R时，我得到以下内容：

> require(Hmisc)
Loading required package: Hmisc
Failed with error:  ‘package 'Hmisc' was built before R 2.10.0: please re-install it’

所以我认为Debian仓库中的Hmisc是旧版本。所以我只是升级。所以我进入R和：

install.packages("Hmisc")

失败了：

...
gcc -I/usr/share/R/include      -fpic  -std=gnu99 -O3 -pipe  -g -c string_box.c -o string_box.o
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g -c wclosest.f -o wclosest.o
gcc -shared -o Hmisc.so Hmisc.o cidxcn.o cidxcp.o hoeffd.o jacklins.o largrec.o mChoice.o nstr.o ranksort.o rcorr.o string_box.o wclosest.o -lgfortran -lm -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lgfortran
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Hmisc.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘Hmisc’
* removing ‘/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/Hmisc’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/Rtmp2Ej5Tn/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("Hmisc") :
  installation of package 'Hmisc' had non-zero exit status
>

似乎ld正在与lgfortran斗争。我检查了并且安装了gfortran。所以我尝试安装gfortran-4.1：

  sudo apt-get install gfortran-4.1

这没有改变任何事情。也没有安装4.2。

关于下一步尝试的任何提示？

Answer 1

安装r-base-dev包时会发生什么？它会构建吗？它应该。

Answer 2

我在这里发布后偶然发现了this previous question。看来我需要手动链接到gfortran库：

 sudo ln -s /usr/lib/libgfortran.so.3 /usr/lib/libgfortran.so

更新群集程序包后，我可以install.packages("Hmisc")

R：在Debian Lenny上升级Hmisc

2 个答案: