家谱的布局

Question

我有一个DNA关系数据集（作为百分比匹配），我和几百个亲戚，几乎所有远房亲戚之间。我还有关于它们中的每一个与数据集中某些其他成员之间的DNA关系的数据。

我希望建立一个显示相互关系的网络图，并让Gephi构建一个类似于家谱的东西。但即使使用一个小样本数据库，我也无法让结果图看起来像这样。

我希望每个关系（即边缘）都具有与关系的紧密程度相关的“力”，因此远距离亲属（节点）被推得更远。我希望图表能够根据这些“力”自行组装，并假设有一个布局，但我还没有找到。

我目前将DNA关系放在weight列中，而根本不使用interval列。但即使仅使用8个亲戚和人工完善的数据，我也必须手动移动节点，使其看起来非常有用。

我应该为这种类型的图表使用什么布局，以及您可以提供哪些其他建议来使其工作？随着关系距离的增加，weight字段应该增加还是减少？

Answer 1

  

......让Gephi构建一个类似于家谱的东西。但即使使用一个小样本数据库，我也无法让结果图看起来像这样。

家谱连接后代（大多数）。 DNA相似性（百分比）不符合这种结构。相关问题may be answered here。

设置Library＆gt; Edges＆gt; Edge Weight - 对DNA相似性属性的过滤可能有所帮助（但不会产生“松散地类似于家谱的东西”）。

  

我希望每个关系（即边缘）都具有与关系的紧密程度相关的“力”，因此远距离亲属（节点）被推得更远。我希望图表能够根据这些“力量”进行自我组装......

所有布局都是这样的。但是，Gephi没有hierarchical定位功能。第三方候选人包括EventGraphLayout，Layered Layout和Concentric Layout。

  

当关系距离增加时，重量场是增加还是减少？

边缘的重量越大，其连接越强（导致其连接的节点之间的距离越小）。然而，对于家谱来说，这是无关紧要的。

  

我希望建立一个网络图，显示每个成员之间的相互关系...

  

我应该为这种类型的图表使用什么样的布局，以及您可以提供哪些其他建议来使其发挥作用？

以下步骤强调clustering和modularity：

1. 计算模块性。

   

2. 按模块化类别划分颜色节点：
   Appearance＆gt; Nodes＆gt; Partition＆gt; Modularity Class

3. 应用布局;例如ForceAtlas 2（已启用Dissuade Hubs，LinLog mode和Prevent Overlap。

如有必要，请在之后应用Contraction布局。 （可选）根据（例如）Eigenvector Centrality设置节点大小（在应用布局之前）。