Question

我使用glmmTMB运行了一组23个模型。（我已将模型设置为list，示例代码如下所示）

cand.models<-list()
cand.models[[1]]<-glmmTMB(count~depth + slope + SST + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)
cand.models[[2]]<-glmmTMB(count~depth + slope + (1|individual), family=list(family="truncated_nbinom1", link="log"), data=df)

我想创建一个汇总表，为cand.models中包含的每个模型提供偏差。我尝试使用broom::glance()，它应该创建一个＆＃34;一行＆＃34;摘要包括偏差，以及AIC和BIC等。

summ.table<-do.call(rbind, lapply(cand.models, broom::glance))

但是，输出不包括模型偏差！（它只包括sigma，logLik，AIC，BIC和df.residual）。有谁知道为什么它没有提供偏差（也许是glmmTMB特有的问题？）。或者，是否有人有一个替代解决方案来提取偏差？

Answer 1

跟进评论："master" version of broom并未包含glance个glmmTMB模型的方法，这意味着glance不适用于{ {1}}模型。

您使用的glmmTMB版本是forked Ben Bolker (bbolker)版本，他为broom添加了一个适用于glance的新glmmTMB方法模型对象。但是，此glance方法在输出中不包含deviance。不过，自deviance = -2*log(likelihood)起，您可以执行以下操作：

summ.table$deviance = -2 * summ.table$logLik

将broom :: glance（）与glmmTMB结合使用

1 个答案: