未定义的符号:MPI.so中的ompi_mpi_char

时间:2017-10-22 11:43:48

标签: python mpi openmpi hpc mpi4py

我正在尝试在HPC服务器上运行python代码。我正在使用mpi4py库在python中的多个节点上进行并行计算。

我写了一个简单的bash脚本run.sh:

#!/bin/sh
#SBATCH -N 2      # nodes requested
#SBATCH -n 6      # tasks requested
#SBATCH -o outfile  # send stdout to outfile
#SBATCH -e errfile  # send stderr to errfile
#SBATCH -t 0:01:00  # time requested in hour:minute:second
module load python intel/compiler/64/16.0.2/2016.2.181 openmpi/gcc/64/1.10.1
srun -n 6 python code.py

并使用运行脚本     $ sbatch run.sh。

我收到了一个错误:

Traceback (most recent call last):
  File "code.py", line 10, in <module>
    from mpi4py import MPI
ImportError: /home/user007/.local/lib/python2.7/site-
packages/mpi4py/MPI.so: undefined symbol: ompi_mpi_char
srun: error: cn111: task 5: Exited with exit code 1

当我通过在我的shell上运行python然后从mpi4py import MPI输入来手动从mpi4py导入MPI时导入错误不存在。

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