我正在尝试在HPC服务器上运行python代码。我正在使用mpi4py库在python中的多个节点上进行并行计算。
我写了一个简单的bash脚本run.sh:
#!/bin/sh
#SBATCH -N 2 # nodes requested
#SBATCH -n 6 # tasks requested
#SBATCH -o outfile # send stdout to outfile
#SBATCH -e errfile # send stderr to errfile
#SBATCH -t 0:01:00 # time requested in hour:minute:second
module load python intel/compiler/64/16.0.2/2016.2.181 openmpi/gcc/64/1.10.1
srun -n 6 python code.py
并使用运行脚本 $ sbatch run.sh。
我收到了一个错误:
Traceback (most recent call last):
File "code.py", line 10, in <module>
from mpi4py import MPI
ImportError: /home/user007/.local/lib/python2.7/site-
packages/mpi4py/MPI.so: undefined symbol: ompi_mpi_char
srun: error: cn111: task 5: Exited with exit code 1
当我通过在我的shell上运行python然后从mpi4py import MPI输入来手动从mpi4py导入MPI时导入错误不存在。