在我以前的post中，我能够使用for循环在Shiny中上传多个文件，处理文件，获取结果并返回csv文件下载。感谢@SBista的贡献。但是，因为我必须一次上传大量文件（总大小约为50 - 100mb），所以我发现运行闪亮的应用程序可能会因为for循环而非常慢。我知道lapply() for比lapply()循环更快，但在我的代码中应用 library(shiny)
ui <- fluidPage(
fluidPage(
titlePanel("MY CSV FILES MERGER"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
fileInput("file1",
"Choose CSV files from a directory",
multiple = TRUE,
accept=c('text/csv',
'text/comma-separated-values,text/plain',
'.csv')),
downloadButton('downloadData', 'Download')
),
mainPanel(
tableOutput('contents')
)
)
)
)
library(shiny)
library(dplyr)
options(shiny.maxRequestSize = 100*1024^2)
server <- function(input, output) {
getData <- reactive({
inFile <- input$file1
if (is.null(inFile)){
return(NULL)
}else {
files3 = lapply(inFile, function(y){
JSON_csv = read.csv(y, header = TRUE)
lastrow = nrow(JSON_csv)
shift = function(x, n){
c(x[-(seq(n))], rep(NA, n))
}
JSON_csv$companyID1 = shift(JSON_csv$companyID1, 1)
JSON_csv = JSON_csv[-lastrow, ]
JSON_csv
}
)
do.call(rbind, files3)
}
})
output$contents <- renderTable(
getData()
)
output$downloadData <- downloadHandler(
filename = function() {
paste("data-", Sys.time(), ".csv", sep="")
},
content = function(file) {
write.csv(getData(), file, row.names=FALSE)
})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)
会在运行应用后产生错误（错误：无效'说明'参数） 。任何帮助将不胜感激。这是我的reading multiple csv files，这是我的代码：
for使用 library(shiny)
library(dplyr)
server <- function(input, output) {
getData <- reactive({
inFile <- input$file1
if (is.null(inFile)){
return(NULL)
}else {
# browser()
numfiles = nrow(inFile)
kata_csv1 = list()
for (i in 1:numfiles)
{
JSON_csv = read.csv(input$file1[[i, 'datapath']], header = TRUE)
lastrow = nrow(JSON_csv)
shift = function(x, n){
c(x[-(seq(n))], rep(NA, n))
}
JSON_csv$companyID1 = shift(JSON_csv$companyID1, 1)
kata_csv1[[i]] = JSON_csv[-lastrow, ]
}
# browser()
do.call(rbind, kata_csv1)
}
})
output$contents <- renderTable(
getData()
)
output$downloadData <- downloadHandler(
filename = function() {
paste("data-", Sys.Date(), ".csv", sep="")
},
content = function(file) {
write.csv(getData(), file, row.names=FALSE)
})
}
shinyApp(ui = ui, server = server)
循环，此代码可以正常工作，但使用50-100mb的多个csv文件时速度非常慢：
CROSS JOIN答案 0 :(得分：1)
以下是不使用for循环的文件的可能解决方案：
library(readxl)
file.list <- list.files(pattern='*.xlsx')
df.list <- lapply(file.list, read_excel)
闪亮。我在一个单独的脚本中运行我的所有文件，并使用闪亮应用程序中的“source”引用脚本
source("SCRIPTGEO.R", local = TRUE)
这是拉动多个文件的链接。 Reading multiple files into R - Best practice
这是我在脚本中对我的应用所做的。我不是专家所以可能有其他方式...
fils1 <- list.files(pattern = ".csv")
allquotes <- function(fils1){
dfs <- lapply(fils1, function(x){
df <- read.csv(x, header = T, stringsAsFactors = FALSE)
df <- df[-c(1,nrow(df)),]
df <- df[,c(1,2,3,5,6,7,8)]
colnames(df) <- c("ID", "ENTRY_DATE", "QUOTEORORDER","BILL.TO", "NAME", "BRANCH", "CONVERTED")
return(df)
})
testbind <- do.call("rbind", dfs)
return(testbind)
}
答案 1 :(得分：1)
问题是当您将lapply传递给inFile$datapath时，实际上只传递了包含文件名的第一列。相反，您需要通过 files3 = lapply(inFile$datapath, function(y){
JSON_csv = read.csv(y, header = TRUE)
lastrow = nrow(JSON_csv)
shift = function(x, n){
c(x[-(seq(n))], rep(NA, n))
}
JSON_csv$companyID1 = shift(JSON_csv$companyID1, 1)
JSON_csv = JSON_csv[-lastrow, ]
JSON_csv
}
。 lapply应该是这样的：
n = 100
希望它有所帮助！