我刚刚开始使用NiftyNet进行医学图像分割。为了开始使用该软件，我试图运行从Brats Challenge数据集（http://www.braintumorsegmentation.org/）中分割图像的演示。
我已经下载了Brats，数据，使用了rename_crop_brats，并设置了我的$ PYTHONPATH。但是，当我运行命令时：
python net_run.py train -c train_whole_tumor_sagittal.ini --app brats_segmentation.BRATSApp --name anisotropic_nets.wt_net.WTNet
我收到以下错误消息：
tensorflow.python.framework.errors_impl.InvalidArgumentError: Provided indices are out-of-bounds w.r.t. dense side with broadcasted shape
我不太确定我在这里搞砸了什么，欢迎任何建议。
答案 0 :(得分：3)
此错误表示训练图像中的离散标签多于网络可输出的标签。在这里，似乎有超过2个标签，而这个网络被设置为进行二进制分类。
你能检查一下.ini文件中'histogram_ref_file'所指向的文件吗？它应该指向[niftynet] / demos / BRATS17目录中提供的，它对肿瘤掩码进行二值化。该文件应包含以下文本：
labellabelfrom 0 1 2 4
labellabelto 0 1 1 1
将所有肿瘤标签分配给1，将所有背景标签分配给0.如果您没有给出该文件的路径，网络将自动生成它，为训练图像提供4个离散类。
这可以解决问题吗？