Weblogo - selenocysteine字母表

Question

我想生成带有selenocysteine的徽标，但是当我选择带有reduced_protein_alphabet的选项时，我会收到错误'Repetative alphabet'

weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry

Answer 1

我的解决方案： 在这里我做了什么

1. 检查infile是否有错误。

2. 将“ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY”字母添加到选项-a

3. 此字母表中的颜色氨基酸-C

   weblogo -f sc.txt -D fasta -o logo -F pdf -n 100 -A protein -a'ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY' -s large -C yellow U selenocysteine -C red DE acidic -C black AVLIPWFM Hydrophobic -C blue KRH basic -C purple QN Neutral -C green GSTYC Polar

我没有透露这么简单。也许它会帮助别人！