Question

我试图在one_frame函数（）中输入一个字符串：

SQLiteAssetHelper

我要做的是返回一个列表one_frame("catatgdaftgaatg")。每当我在字符串中找到["atgdaf","atg"]时，我想抓住"atg"以及之后的任何内容，直到我到达"atg"。这是我到目前为止，但它只返回"taa" "tga" "tag"。

["atg"]

Answer 1

dna_list.append(get_orf(dna_string+dna[c:q+3]))

~~只需更新追加功能...... 因为dna_string的长度总是3 ..你永远不会得到6字符所需的结果~~

<强>更新： - 我忘了你提到的其他条件。

def get_orf(dna_seq):
  for x in dna_seq:
    # print dna_seq
    if("taa" in dna_seq or "tag" in dna_seq or "tga" in dna_seq):
        dna_seq=dna_seq.replace("taa","")
        dna_seq=dna_seq.replace("tga","")
        dna_seq=dna_seq.replace("tag","")
        if('atg' in dna_seq[3:]):
          dna_seq="atg"+dna_seq[3:].replace("atg","")
        return dna_seq
    else:
        return dna_seq

def one_frame(dna):
    c=0
    q=3
    dna_list=[]
    dna_string=""
    while(q<=len(dna)):
        dna_string=dna[c:q]
        c=c+3
        q=q+3
        print dna_string
        if(dna_string=="atg"):
            dna_list.append(get_orf(dna[c-3:]))

    print dna_list

Answer 2

如果我正确理解了您的任务，那么您可以使用split方法将here与 atg 分隔符一起使用。您将获得子字符串列表，然后对于每个子字符串，您可以获得 taa ， tga ，标记子字符串和剪切的出现的索引最小索引的子串。

Answer 3

在您的方法中，您将移动3步。这就是您无法捕获第二个atg的原因。关于你的第二个问题，你总是只向get_orf方法传递3个字符。您需要传递整个字符串才能找到所需的字符。

def get_orf(dna_seq):
    for counter, val in enumerate(dna_seq):
        if val == "t" and counter < len(dna_seq)-2:
            if dna_seq[counter+1:counter+3] in ["aa", "ag"]:
                return dna_seq[:counter]
            if dna_seq[counter+1:counter+3] == "ga":
                return dna_seq[:counter]
    return dna_seq

def one_frame(dna):
    c = 0
    dna_list = []
    while c <= len(dna)-3:
        dna_string = dna[c:]
        if dna_string.startswith("atg"):
            dna_list.append(get_orf(dna_string))
        c += 1
    return dna_list

字符串切成一个列表

3 个答案: