Question

我对确认的R用户有一些新手问题:-)。我有一个班级＆＃34; loci＆＃34;对应于个体的行，以及对应于不同SNP基因座的基因型的列（对于群体信息，+ 1列）：

gen.loc Allelic data frame: 283 individuals 151 loci 1 additional variable

as.data.frame(gen.loc) population PBA10091 PBA10106 PBA10242 PBA10272 PBA11037 PBA11455 PBA11744 001 ANTE 01/02 01/01 01/01 02/02 02/02 02/02 01/01 002 ANTE 01/01 01/01 01/01 02/02 01/02 02/02 01/02 003 ANTE 01/01 02/02 01/01 02/02 02/02 01/02 01/01 004 ANTE 01/01 01/01 01/01 02/02 02/02 01/02 01/01 005 ANTE 01/02 02/02 01/01 02/02 02/02 02/02 01/02 006 ANTE 01/01 02/02 01/02 01/02 01/02 02/02 01/01

我有12个人口在我的人口和＃34;柱。我想计算每个人群中个体之间的成对基因型距离。

只有一个弹出窗口，命令为：

d <- dist.gene(gen.loc, method="pairwise", pairwise.deletion = TRUE, variance = FALSE)

它返回一个类＆＃39; dist＆＃39;与个体之间的成对差异。

但是，我想根据＆＃34;人口＆＃34;的12个级别来分割我的数据帧。列，并使用＆＃39; apply＆＃39;分解此过程。功能。

我尝试过＆＃39; ddply＆＃39; plyr 库的功能：

ddply(as.data.frame(gen.loc), as.data.frame(gen.loc)$population, function(e) dist.gene(e, method="pairwise", pairwise.deletion = TRUE, variance = FALSE))

不幸的是，此命令会返回错误消息：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'ANTE' not found

＆＃39; ANTE＆＃39;作为第一个出现在数据框中的pop，我觉得分裂出错了。另外，我猜想 dist.gene 结果可能会出现问题。对象而不是实际的R数据帧。

这里有更好的方法来使用ddply吗？或者在应用 dist.gene 命令时分割我的数据帧的另一种方法？否则我想我只会为每个pop创建一个输入数据帧... :-)如果有一个大量的pop，虽然不方便!!

感谢您的帮助！

一切顺利，

Chrys

Answer 1

试一试？

df <- as.data.frame(gen.loc)
split.df <- split(df, df$population)  # split data frame into list by distinct population
result <- lapply(split.df, function(i) dist.gene(i, method="pairwise", pairwise.deletion = TRUE, variance = FALSE))  # iterate through list and calculate pairwise distance

运行问题＆＃39; ddply＆＃39; plyr R library

1 个答案: