在ggraph中使用lat / long数据进行布局的问题

Question

我正在尝试计算如何在ggraph中使用纬度/经度布局，但似乎无法通过语法工作。考虑这个代表，其中一些数据是从iris数据集修改的：

data <- structure(list(Sepal.Length = c(5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 
5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8), Sepal.Width = c(3.5, 3, 3.2, 3.1, 3.6, 
3.9, 3.4, 3.4, 2.9, 3.1, 3.7, 3.4), Lon = c(-122.683, -122.688, 
-122.686, -122.683, -122.678, -122.675, -122.674, -122.673, -122.676, 
-122.674, -122.677, -122.68), Lat = c(45.523, 45.52, 45.514, 
45.515, 45.513, 45.514, 45.517, 45.519, 45.519, 45.522, 45.524, 
45.521)), class = "data.frame", .Names = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", 
"Lon", "Lat"), row.names = c(NA, -12L))

library(ggplot2)
library(igraph)
library(ggraph)

坐标位置的简单图表如下所示：

ggplot(data, aes(x = Lon, y = Lat)) +
  geom_point(size = 6)

layout接受矩阵，所以我在这里提取坐标并将其转换为矩阵：

spatial_layout <- layout.norm(as.matrix(data[,c(3,4)]))

然后将data转换为igraph对象：

igraph_data <- graph_from_data_frame(data)

如果我使用基本plot.igraph进行绘图，则布局符合预期;每个点的空间坐标：

plot.igraph(igraph_data, layout = spatial_layout)

现在我遇到了问题。我宁愿使用ggraph来利用ggplot2的力量。但是我不知道如何让它接受空间布局。这不起作用：

ggraph(igraph_data, spatial_layout) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

  

create_layout.igraph中的错误（图形，布局，......）：未知布局

也没有尝试创建自定义布局：

create_layout(data, layout = "spatial_layout")

  

create_layout.default出错（数据，布局=＆＃34; spatial_layout＆＃34;）：
  没有为类data.frame

的对象定义布局函数

手动将纬度/经度数据添加到igraph对象中似乎无法做到这一点：

igraph_data$layout=cbind(E(igraph_data)$Lon,E(igraph_data)$Lat)
ggraph(igraph_data) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

  

在data.frame（...，check.names中）使用nicely作为默认布局错误   = FALSE）：参数意味着不同的行数：12,17

所以最后我的问题是如何将空间数据添加到ggraph布局？显然我在这里遗漏了一些东西，但我似乎无法找到正确的方法。

Answer 1

我们可以使用ggraph::create_layout制作等效的手动布局。但首先，我们需要使空间坐标的数量与我们传递的图形中的顶点数量相匹配。看起来plot.igraph正在静静地回收您的原始布局。

# must have columns named x and y
data2 <-  data.frame(x = rep(spatial_layout[,1], length.out = 17),
                     y = rep(spatial_layout[,2], length.out = 17))

然后使用?layout_igraph_manual的帮助页面作为后续参数名称的指南。

manual_layout <- create_layout(graph = igraph_data,
              layout = "manual", node.positions = data2)

注意：当我直接调用该函数时，我会发出警告Error: 'layout_igraph_manual' is not an exported object from 'namespace:ggraph'。

然后我们可以把它插入原文：

ggraph(manual_layout) + 
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
    geom_node_text(aes(label = name))

默认情况下，轴限制不一样，但这是一个很小的+ xlim(-2.5,2.5)#ish调整。