计算pyspark中数据帧的所有行之间的余弦相似度

时间:2017-10-15 18:50:43

标签: python dataframe pyspark cosine-similarity

我有一个包含工人的数据集,其中包含年龄性别,地址等人口统计信息及其工作地点。我从数据集创建了一个RDD并将其转换为DataFrame。

每个ID都有多个条目。因此,我创建了一个DataFrame,其中只包含工人的ID和他/她曾经工作的各个办公地点。

    |----------|----------------|
    | **ID**    **Office_Loc**  |
    |----------|----------------|
    |   1      |Delhi, Mumbai,  |
    |          | Gandhinagar    |
    |---------------------------|
    |   2      | Delhi, Mandi   | 
    |---------------------------|
    |   3      |Hyderbad, Jaipur|
    -----------------------------

我想根据办公地点计算每个工人与其他工人之间的余弦相似度。

所以,我遍历了DataFrame的行,从DataFrame中检索了一行:

myIndex = 1
values = (ID_place_df.rdd.zipWithIndex()
            .filter(lambda ((l, v), i): i == myIndex)
            .map(lambda ((l,v), i): (l, v))
            .collect())

然后使用地图

    cos_weight = ID_place_df.select("ID","office_location").rdd\
  .map(lambda x: get_cosine(values,x[0],x[1]))

计算提取的行与整个DataFrame之间的余弦相似度。

我不认为我的方法是好的,因为我在迭代DataFrame的行,它击败了使用spark的整个目的。 在pyspark有更好的方法吗? 请建议。

2 个答案:

答案 0 :(得分:12)

您可以使用mllib包来计算每行TF-IDF的L2范数。然后将表与自身相乘得到余弦相似度,作为两乘L2范数的点积:

<强> 1。 RDD

rdd = sc.parallelize([[1, "Delhi, Mumbai, Gandhinagar"],[2, " Delhi, Mandi"], [3, "Hyderbad, Jaipur"]])
  • 计算TF-IDF

    documents = rdd.map(lambda l: l[1].replace(" ", "").split(","))
    
    from pyspark.mllib.feature import HashingTF, IDF
    hashingTF = HashingTF()
    tf = hashingTF.transform(documents)
    

您可以在HashingTF中指定要素数,以使要素矩阵更小(列数更少)。

    tf.cache()
    idf = IDF().fit(tf)
    tfidf = idf.transform(tf)
  • 计算L2规范:

    from pyspark.mllib.feature import Normalizer
    labels = rdd.map(lambda l: l[0])
    features = tfidf
    
    normalizer = Normalizer()
    data = labels.zip(normalizer.transform(features))
    
  • 通过将矩阵与自身相乘来计算余弦相似度:

    from pyspark.mllib.linalg.distributed import IndexedRowMatrix
    mat = IndexedRowMatrix(data).toBlockMatrix()
    dot = mat.multiply(mat.transpose())
    dot.toLocalMatrix().toArray()
    
        array([[ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
               [ 0.        ,  1.        ,  0.10794634,  0.        ],
               [ 0.        ,  0.10794634,  1.        ,  0.        ],
               [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  1.        ]])
    

    OR:在numpy数组上使用笛卡尔积和函数dot

    data.cartesian(data)\
        .map(lambda l: ((l[0][0], l[1][0]), l[0][1].dot(l[1][1])))\
        .sortByKey()\
        .collect()
    
        [((1, 1), 1.0),
         ((1, 2), 0.10794633570596117),
         ((1, 3), 0.0),
         ((2, 1), 0.10794633570596117),
         ((2, 2), 1.0),
         ((2, 3), 0.0),
         ((3, 1), 0.0),
         ((3, 2), 0.0),
         ((3, 3), 1.0)]
    

<强> 2。数据帧

由于您似乎在使用数据框,因此您可以改为使用spark ml包:

import pyspark.sql.functions as psf
df = rdd.toDF(["ID", "Office_Loc"])\
    .withColumn("Office_Loc", psf.split(psf.regexp_replace("Office_Loc", " ", ""), ','))
  • 计算TF-IDF:

    from pyspark.ml.feature import HashingTF, IDF
    hashingTF = HashingTF(inputCol="Office_Loc", outputCol="tf")
    tf = hashingTF.transform(df)
    
    idf = IDF(inputCol="tf", outputCol="feature").fit(tf)
    tfidf = idf.transform(tf)
    
  • 计算L2规范:

    from pyspark.ml.feature import Normalizer
    normalizer = Normalizer(inputCol="feature", outputCol="norm")
    data = normalizer.transform(tfidf)
    
  • 计算矩阵产品:

    from pyspark.mllib.linalg.distributed import IndexedRow, IndexedRowMatrix
    mat = IndexedRowMatrix(
        data.select("ID", "norm")\
            .rdd.map(lambda row: IndexedRow(row.ID, row.norm.toArray()))).toBlockMatrix()
    dot = mat.multiply(mat.transpose())
    dot.toLocalMatrix().toArray()
    

    OR:使用联接和UDF功能dot

    dot_udf = psf.udf(lambda x,y: float(x.dot(y)), DoubleType())
    data.alias("i").join(data.alias("j"), psf.col("i.ID") < psf.col("j.ID"))\
        .select(
            psf.col("i.ID").alias("i"), 
            psf.col("j.ID").alias("j"), 
            dot_udf("i.norm", "j.norm").alias("dot"))\
        .sort("i", "j")\
        .show()
    
        +---+---+-------------------+
        |  i|  j|                dot|
        +---+---+-------------------+
        |  1|  2|0.10794633570596117|
        |  1|  3|                0.0|
        |  2|  3|                0.0|
        +---+---+-------------------+
    

本教程列出了乘以大规模矩阵的不同方法:https://labs.yodas.com/large-scale-matrix-multiplication-with-pyspark-or-how-to-match-two-large-datasets-of-company-1be4b1b2871e

答案 1 :(得分:1)

关于此问题,由于我在pyspark的项目中必须使用余弦相似度,因此我不得不说@MaFF的代码是正确的,的确,当我看到他的代码时我犹豫了一下代码,因为他使用的是向量的L2范数的点积,因此理论说:数学上,它是向量的点积与量级乘积之比两个向量中的一个。

这是我的代码修改后的结果,因此我得出的结论是,SKLearn以不同的方式计算 tfidf ,因此,如果您尝试使用sklearn重播此摘要,您将获得结果不同。

d = [{'id': '1', 'office': 'Delhi, Mumbai, Gandhinagar'}, {'id': '2', 'office': 'Delhi, Mandi'}, {'id': '3', 'office': 'Hyderbad, Jaipur'}]
df_fussion = spark.createDataFrame(d)
df_fussion = df_fussion.withColumn('office', F.split('office', ', '))


from pyspark.ml.feature import HashingTF, IDF
hashingTF = HashingTF(inputCol="office", outputCol="tf")
tf = hashingTF.transform(df_fussion)

idf = IDF(inputCol="tf", outputCol="feature").fit(tf)
data = idf.transform(tf)   

@udf
def sim_cos(v1,v2):
    try:
        p = 2
        return float(v1.dot(v2))/float(v1.norm(p)*v2.norm(p))
    except:
        return 0

result = data.alias("i").join(data.alias("j"), F.col("i.ID") < F.col("j.ID"))\
    .select(
        F.col("i.ID").alias("i"),
        F.col("j.ID").alias("j"),
        sim_cos("i.feature", "j.feature").alias("sim_cosine"))\
    .sort("i", "j")
result.show()

我还想与您分享一些简单的测试,以证明我对简单的矢量所做的测试是正确的:

cosine similarity in pyspark for two simply vectors

亲切的问候,