在dask和pandas数据帧中应用的不兼容性

时间:2017-10-13 00:56:23

标签: python pandas dask

我的 Dask数据框triggers列的示例如下所示:

0    [Total Traffic, DNS, UDP]
1                    [TCP RST]
2              [Total Traffic]
3                 [IP Private]
4                       [ICMP]
Name: triggers, dtype: object

我希望通过执行以下操作,创建上述数组的一个热编码版本(例如,将1放在第1行的DNS列中)。 pop_triggers包含triggers的所有可能值。

for trig in pop_triggers:
    df[trig] = df.triggers.apply(lambda x: 1 if trig in x else 0)

但是,Total TrafficDNS等列都包含值0,而不是相关值的1。当我将它复制到pandas数据帧并执行相同的操作时,它们会得到预期的值。

a = df[[ 'Total Traffic', 'UDP', 'NTP Amplification', 'triggers', 'ICMP']].head()
for trig in pop_triggers:
    a[trig] = a.triggers.apply(lambda x: 1 if trig in x else 0)

我在这里缺少什么?是因为dask是懒惰的,不知道它是不是按预期填充了值?

编辑1: 我调查了一些首先设置旗帜的地方(结果远远低于我的预期,并得到了一些非常奇怪的结果。见下文:

df2 = df[df['Total Traffic']==1]
df2[['triggers']+pop_triggers].head()

输出:

        triggers    Total Traffic   UDP DNS
9380    [ICMP, IP null, IP Private, TCP null, TCP SYN,...   1   1   1
9388    [ICMP, IP null, IP Private, TCP null, TCP SYN,...   1   1   1
19714   [ICMP, IP null, IP Private, UDP, NTP Amplifica...   1   1   1
21556   [IP null]   1   1   1
21557   [IP null]   1   1   1

可能的错误?

编辑2: 最小的工作示例:

triggers = [['Total Traffic', 'DNS', 'UDP'],['TCP RST'],['Total Traffic'],['IP Private'],['ICMP']]*10
df2 = dd.from_pandas(pd.DataFrame({'triggers':triggers}), npartitions=16)
pop_triggers= ['Total Traffic', 'UDP', 'DNS', 'TCP SYN', 'TCP null', 'ICMP']
for trig in pop_triggers:
    df2[trig] = df2.triggers.apply(lambda x: 1 if trig in x else 0)
df2.head()

输出:

triggers    Total Traffic   UDP DNS TCP SYN TCP null    ICMP
0   [Total Traffic, DNS, UDP]   0   0   0   0   0   0
1   [TCP RST]   0   0   0   0   0   0
2   [Total Traffic] 0   0   0   0   0   0
3   [IP Private]    0   0   0   0   0   0

注意:我更关心事物的Dask方面而不是Pandas

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

根据我的经验apply dask使用明确的metadata效果更好。有一些功能让dask尝试猜测metadata,但我发现它很慢并且不总是可靠的。指南也是指定meta

根据我的经验,另一点是assigndf[col] = ...效果更好。不确定这是一个错误,一个限制或误用在我身边(我之前研究过,我不认为这是一个错误)。

编辑:第一种模式不起作用,循环中前一列使用的trig值似乎会使用以后的值进行更新,因此在计算时,这会给出只有所有列的最后一个值的结果!

它不是一个错误,而是在闭包的延迟计算的lambda结果尚未计算的情况下不立即计算的组合。请参阅this discussion了解其无效的原因。

我的模式是:

cols = {}
for trig in pop_triggers:
    meta = (trig, int)
    cols[trig] = df.triggers.apply(lambda x: 1 if trig in x else 0, meta=meta)
df = df.assign(**cols)

正确的模式:

(抱歉我之前没有测试过,因为我运行相同的模式,除非我没有在应用函数中使用循环值,所以没有面对这种行为)

cols = {}

for trig in pop_triggers:
    meta = (trig, int)

    def fn(x, t):
        return 1 if t in x else 0

    cols[trig] = ddf.triggers.apply(fn, args=(trig,), meta=meta)
ddf = ddf.assign(**cols)