Question

我每天通过我的闪亮应用程序的cron作业更新我的RData文件。但是，闪亮的应用程序不会在大多数情况下选择更新并继续显示旧RData文件中的旧数据。

这是最小可重复的例子。从我的桌面执行 data_processing.R 时，它可以正常工作。但是，当它在Rshiny服务器上完成时，闪亮的应用程序不会读取更新的日期和时间戳。

data_processing.R

rm(list=ls())
df <- iris
data_update_date_time <- Sys.time()
save.image("working_dataset.RData", compress = TRUE)

server.R

load("working_dataset.RData")

function(input, output, session) {

  # Combine the selected variables into a new data frame
  selectedData <- reactive({
    df[, c(input$xcol, input$ycol)]
  })

  clusters <- reactive({
    kmeans(selectedData(), input$clusters)
  })

  output$plot1 <- renderPlot({
    palette(c("#E41A1C", "#377EB8", "#4DAF4A", "#984EA3",
              "#FF7F00", "#FFFF33", "#A65628", "#F781BF", "#999999"))

    par(mar = c(5.1, 4.1, 0, 1))
    plot(selectedData(),
         col = clusters()$cluster,
         pch = 20, cex = 3)
    points(clusters()$centers, pch = 4, cex = 4, lwd = 4)
  })

  ## Data update date and time stamp
  output$update_date_time <- renderPrint(data_update_date_time)

}

ui.R

pageWithSidebar(
  headerPanel('Iris k-means clustering'),
  sidebarPanel(
    selectInput('xcol', 'X Variable', names(iris)),
    selectInput('ycol', 'Y Variable', names(iris),
                selected=names(iris)[[2]]),
    numericInput('clusters', 'Cluster count', 3,
                 min = 1, max = 9),
    br(),
    h4("Date update date time"),
    textOutput("update_date_time")
  ),
  mainPanel(
    plotOutput('plot1')
  )
)

感谢您抽出宝贵时间。

Answer 1

修改

reactiveFileReader包中实际上有一个名为shiny的函数，可以完全满足您的要求：定期检查文件＆＃34;最后一次修改＆＃34;时间或大小相应地改变和重新读取。但是，此功能只能在server上下文中使用，因此对于连接到您应用的每个用户，该文件至少会被读取一次。我的答案中的选项3和4没有这些低效率。

来自

的原始答案

首先，闪亮没有办法跟踪文件变化AFAIK。您的实现只要

重新加载.RData文件

shiny-server通过bash或
因为应用程序在某个时刻变得空闲而重新加载全局变量。

当满足第二个条件时，没有办法说出来。因此，我主张使用以下四种选项之一。从简单到排序，你最了解你的闪亮！。

选项1：将load语句放在服务器

此处，只要新用户与应用程序连接，就会重新加载图片。但是，如果您的.RData文件很大，这可能会降低您的应用速度。如果速度不是问题，我会选择这个解决方案，因为它很容易和干净。

# server.R
function(input, output, session) {
  load("working_dataset.RData")
  ...
}

每当用户刷新页面时，也会重新读取数据（ F5 ）

选项2：每当要重新导入数据时重新启动shiny-server

（另见@shosacos回答）。这会强制重新加载.Rdata文件。

$ sudo systemctl restart shiny-server

同样，这可能会降低您的制作流程，具体取决于您的应用的复杂程度。这种方法的一个优点是，如果您在global.R中加载数据，还可以使用导入的数据来构建ui 。（我假设你没有给出你给的代码）。

选项3：根据＆＃34;最后修改＆＃34;

这里的想法是在用户连接到应用时检查.RData是否已更改。要做到这一点，你将不得不使用＆＃34;全球＆＃34;包含上次导入版本的时间戳的变量。以下代码未经测试，但应该让您了解如何实现此功能。

# server.R
last_importet_timestamp <- reactiveVal("")

function(input,output,session){
  current_timestamp <- file.info(rdata_path)$mtime 

  if(last_importet_timestamp() != current_timestamp){
    # use parent.frame(2) to make data available in other sessions
    load(rdata_path, envir = parent.fame(2))
    # update last_importet_timestamp
    last_importet_timestamp(current_timestamp) 
  }

  ...
}

速度方面，这应该比前两个版本更有效。每个时间戳永远不会导入数据一次（除非闪亮的服务器重新启动或变为空闲）。

选项4：导入＆＃34;反应＆＃34;

基本上，与选项3相同，但每隔50ms检查一次文件是否有变化。以下是此方法的完整工作示例。请注意，除非上次修改＆＃34;最后一次更改，否则不会加载数据。被检测到，因此产生的开销也不算太差。

library(shiny)

globalVars <- reactiveValues()

rdata_path = "working_dataset.RData"

server <- function(input, output, session){
  observe({
    text = input$text_in
    save(text = text, file = rdata_path, compress = TRUE)
  })
  observe({
    invalidateLater(50, session)
    req(file.exists(rdata_path))
    modified <- file.info(rdata_path)$mtime
    imported <- isolate(globalVars$last_imported)
    if(!identical(imported, modified)){
      tmpenv <- new.env()
      load(rdata_path, envir = tmpenv)
      globalVars$workspace <- tmpenv
      globalVars$last_imported <- modified
    }
  })
  output$text_out <- renderText({
    globalVars$workspace$text
  })
}

ui <- fluidPage(
  textInput("text_in", "enter some text to save in Rdata", "default text"),
  textOutput("text_out")
)

shinyApp(ui, server)

如果您发现使用globalVars$workspace$text不方便，可以使用with直接访问globalVars$workspace的内容。

  output$text_out <- renderText({
    with(globalVars$workspace, {
      paste(text, "suffix")
    })
  })

Answer 2

如果在处理新的* .RData后重新启动闪亮服务器，它会起作用。我不会把它放进闪亮的服务器，因为那时

1）其变量对UI不可见

2）每个打开应用程序的用户都需要等待RData加载完成。

Answer 3

该应用由闪亮服务器缓存，除非在与该闪亮应用相关联的.R文件之一中检测到更改，否则它不会更新该应用。 hack是对您的应用程序代码进行微妙的更改（例如，切换库的加载顺序），以提示闪亮的服务器重置缓存，从而包含更新的.RData文件。

闪亮的应用程序不反映更新RData文件中的更改

3 个答案:

修改

来自

选项1：将load语句放在服务器

选项2：每当要重新导入数据时重新启动shiny-server

选项3：根据＆＃34;最后修改＆＃34;

选项4：导入＆＃34;反应＆＃34;