Question

我正在使用R包Momocs来比较我在ImageJ中跟踪并保存为二进制图像tiff的形状轮廓。例如：one outline of snail teeth。 Momocs需要一个X和Y坐标矩阵，我无法从图像转换到坐标。

一方面：ImageJ可以选择另存为... XY坐标，但这仅适用于选择。我可以使用棒工具来选择轮廓，但它包围了一个像素宽的轮廓，例如：直线将具有长矩形的坐标，描述该线的两侧。这让我在double-vision (image example of one tooth close-up)看到了我的蜗牛，可能会对分析产生不利影响。

另一方面：Momocs有import_jpg1命令，但是当我将图像转换为jpeg（或从头开始制作jpeg）时，它们最终会在轮廓周围出现浅色像素作为噪声。我尝试了包tiff和rtiff，但是它们的输出不是tiff黑色部分的XY坐标，而且我对输出不够熟悉，无法理解如何将它们转换为XY坐标。

任何人都可以帮我做一件（或多件！）这些事情：

以Momocs格式将tiffs上传到R可以阅读
将通过tiff或rtiff上传的tiff数据转换为格式 Momocs可以阅读
获取a中所有黑色像素的XY坐标矩阵 binary-image tiff
将二进制图像tiff转换为二进制图像jpeg

提前感谢您的帮助！

Answer 1

通过指定which，您可以使用R的函数arr.ind=TRUE轻松提取符合特定条件的像素的XY坐标矩阵。为了说明这种方法，我使用Bioconductor包 EBImage 直接从提供的URL加载示例PNG文件。 readImage是R包 jpeg ， png 和 tiff 中提供的函数的包装器，因此除了PNG之外，它还会打开JPEG和TIFF文件。

### Install EBImage
# source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# biocLite("EBImage")

img <- EBImage::readImage("https://i.stack.imgur.com/ZFTxu.png")

mat <- which(img==0, arr.ind=TRUE, useNames=FALSE)
head(mat)

##      [,1] [,2]
## [1,]  121   53
## [2,]  120   54
## [3,]  118   55
## [4,]  119   55
## [5,]  117   56
## [6,]  116   57

EBImage 提供了大量工具，用于处理您可能感兴趣的R中的图像数据，例如操作，过滤和显示图像的功能。请参阅包vignette以获取概述。

如何加载二进制轮廓的XY坐标保存为tiff文件？

1 个答案: