R：system（）不能使用.bashrc中定义的bash函数

Question

问题

我的默认Python是2.7，但我有一个需要Python 3.4的脚本。我试图在R中创建一个函数：

1. 切换到Python 3.4
2. 运行此脚本
3. 切换回Python 2.7
4. 将结果导入R

要在Python版本之间切换，我使用我的集群的“dotkit”系统，如下所示：

use Python-2.7
use Python-3.4

“use”是一个在我的.bashrc文件中导入的bash函数。它设置了我的所有路径变量（PATH，LIBRARY_PATH，LD_LIBRARY_PATH，CPATH，C_INCLUDE_PATH等）。问题是当我尝试在R中调用此函数时，我收到以下错误：

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

这似乎是我的PATH的一个问题。我正在使用正确的shell：

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的$ PATH变量看起来也不错。但是，当我创建一个基本上做同样事情的脚本时：

load_py34.sh：

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

并通过R调用此脚本，然后它实际运行，但由于某种原因，它不会更改我在R中的python版本。（我已经验证此脚本在命令行中运行。）

> R
> system('python --version')
Python 2.7.1
> system('sh load_py34.sh')
Prepending: R-3.4 (ok)
> system('python --version')
Python 2.7.1

所以我有点困惑，但如果有人可以提供帮助，我会非常感激。

建议修复

当我将它们组合成一个命令时，我仍然遇到同样的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用bash时，我仍然遇到PATH问题：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

Answer 1

当您致电system()时，它使用的是/bin/sh，而不是/bin/bash。 sh文件在启动时未读取.bashrc文件，因此它不知道您在此处定义的任何功能。

要使用.bashrc中的功能，您必须bash来运行它：

system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")

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