我观看了Brandon Rhodes关于Cython的演讲 - “EXE的日子在我们身上”。
布兰登在09:30提到,对于一段特定的短代码,跳过解释给出了40%的加速,而跳过分配和发送则给出了574%的加速(10:10)。
我的问题是 - 如何衡量特定的代码?是否需要手动提取底层c命令,然后以某种方式让运行时运行它们?
这是一个非常有趣的观察,但我如何重新创建实验呢?
答案 0 :(得分:6)
让我们来看看这个python函数:
def py_fun(i,N,step):
res=0.0
while i<N:
res+=i
i+=step
return res
并使用ipython-magic来计时:
In [11]: %timeit py_fun(0.0,1.0e5,1.0)
10 loops, best of 3: 25.4 ms per loop
解释器将运行生成的字节码并对其进行解释。但是,我们可以通过使用cython for / cython化相同的代码来删除解释器:
%load_ext Cython
%%cython
def cy_fun(i,N,step):
res=0.0
while i<N:
res+=i
i+=step
return res
我们的速度提高了50%:
In [13]: %timeit cy_fun(0.0,1.0e5,1.0)
100 loops, best of 3: 10.9 ms per loop
当我们查看生成的c代码时,我们看到正确的函数被直接调用而不需要被解释/调用ceval
,在这里删除了样板代码:
static PyObject *__pyx_pf_4test_cy_fun(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_v_i, PyObject *__pyx_v_N, PyObject *__pyx_v_step) {
...
while (1) {
__pyx_t_1 = PyObject_RichCompare(__pyx_v_i, __pyx_v_N, Py_LT);
...
__pyx_t_2 = __Pyx_PyObject_IsTrue(__pyx_t_1);
...
if (!__pyx_t_2) break;
...
__pyx_t_1 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_res, __pyx_v_i);
...
__pyx_t_1 = PyNumber_InPlaceAdd(__pyx_v_i, __pyx_v_step);
}
...
return __pyx_r;
}
然而,这个cython函数处理python-objects而不是c-style float,所以在函数PyNumber_InPlaceAdd
中有必要弄清楚这些对象(整数,浮点数,其他东西?)到底是什么将此调用发送到可以完成工作的正确功能。
在cython的帮助下,我们还可以消除对此调度的需要,并直接调用浮点数的乘法:
%%cython
def c_fun(double i,double N, double step):
cdef double res=0.0
while i<N:
res+=i
i+=step
return res
在此版本中,i
,N
,step
和res
是c风格的双打,不再是python对象。因此,不再需要调用PyNumber_InPlaceAdd
之类的调度函数,但我们可以直接调用+
- double
的运算符:
static PyObject *__pyx_pf_4test_c_fun(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, double __pyx_v_i, double __pyx_v_N, double __pyx_v_step) {
...
__pyx_v_res = 0.0;
...
while (1) {
__pyx_t_1 = ((__pyx_v_i < __pyx_v_N) != 0);
if (!__pyx_t_1) break;
__pyx_v_res = (__pyx_v_res + __pyx_v_i);
__pyx_v_i = (__pyx_v_i + __pyx_v_step);
}
...
return __pyx_r;
}
结果是:
In [15]: %timeit c_fun(0.0,1.0e5,1.0)
10000 loops, best of 3: 148 µs per loop
现在,与没有翻译但没有翻译的版本相比,这是一个近100的加速。
实际上,要说,派遣+分配是这里的瓶颈(因为消除它导致加速几乎100倍)是一个谬论:口译员负责超过50%的运行时间(15 ms)并且“仅”发送和分配10ms。
然而,除了“解释器”和动态调度之外,还有更多的问题:Float是不可变的,因此每次更改时都必须在垃圾收集器中创建和注册/取消注册新对象。
我们可以引入可变浮动,它们已经就地改变了,不需要注册/取消注册:
%%cython
cdef class MutableFloat:
cdef double x
def __cinit__(self, x):
self.x=x
def __iadd__(self, MutableFloat other):
self.x=self.x+other.x
return self
def __lt__(MutableFloat self, MutableFloat other):
return self.x<other.x
def __gt__(MutableFloat self, MutableFloat other):
return self.x>other.x
def __repr__(self):
return str(self.x)
时间安排(现在我使用不同的机器,所以时间有点不同):
def py_fun(i,N,step,acc):
while i<N:
acc+=i
i+=step
return acc
%timeit py_fun(1.0, 5e5,1.0,0.0)
30.2 ms ± 1.12 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each
%timeit cy_fun(1.0, 5e5,1.0,0.0)
16.9 ms ± 612 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
%timeit i,N,step,acc=MutableFloat(1.0),MutableFloat(5e5),MutableFloat(1
...: .0),MutableFloat(0.0); py_fun(i,N,step,acc)
23 ms ± 254 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
%timeit i,N,step,acc=MutableFloat(1.0),MutableFloat(5e5),MutableFloat(1
...: .0),MutableFloat(0.0); cy_fun(i,N,step,acc)
11 ms ± 66.2 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
不要忘记重新初始化i
,因为它是可变的!结果
immutable mutable
py_fun 30ms 23ms
cy_fun 17ms 11ms
因此,在使用解释器的版本中注册/取消注册浮动(我不确定没有其他任何角色扮演)需要高达7ms(约20%),并且在没有版本的版本中超过33%解释
现在看起来:
另一个问题是数据的局部性,这对于存储器带宽限制问题变得明显:如果数据线性地连续处理一个连续的存储器地址,则现代缓存很有效。这适用于循环std::vector<>
(或array.array
),但不适用于循环python列表,因为此列表包含指向内存中任何位置的指针。
考虑以下python脚本:
#list.py
N=int(1e7)
lst=[0]*int(N)
for i in range(N):
lst[i]=i
print(sum(lst))
和
#byte
N=int(1e7)
b=bytearray(8*N)
m=memoryview(b).cast('L') #reinterpret as an array of unsigned longs
for i in range(N):
m[i]=i
print(sum(m))
它们都创建1e7
个整数,第一个版本是Python整数,第二个是低级c-int,它们连续放在内存中。
有趣的是,这些脚本产生了多少缓存未命中(D):
valgrind --tool=cachegrind python list.py
...
D1 misses: 33,964,276 ( 27,473,138 rd + 6,491,138 wr)
与
valgrind --tool=cachegrind python bytearray.py
...
D1 misses: 4,796,626 ( 2,140,357 rd + 2,656,269 wr)
这意味着python-integers有8次缓存未命中。它的一部分是因为python整数需要超过8个字节(可能是32字节,即因子4)的内存和(可能不是100%肯定,因为相邻的整数是在彼此之后创建的,所以机会很高,它们在内存中的某个地方存储,需要进一步调查),因为事实上它们没有在内存中对齐,因为bytearray
的c-整数就是这种情况。