在for循环的输出中获取变量名称在R中的pairwise.wilcox.test上运行

时间:2017-10-09 13:03:48

标签: r for-loop

我想分析数据框中的一堆变量" Genes"来自数据框架的分类数据" Drugs"使用pairwise.wilcox.test来考虑多次测试。

我的数据如下:

基因

  G1 G2 G3    
A 5  1  3 
B 4  2  1
C 7  6  5

药物:

  D1 D2 D3
A R  S  R
B S  R  S
C R  S  S

A,B,C是第一栏中的样本名称

现在我想用D1逐个测试变量G1,G2,G3,然后是D2,然后是D3。在输出中我想得到变量名称" G1"例如" D1"各自的结果。

到目前为止,我只尝试过与#34; Drugs"中的一个变量(D1)的关联。 dataframe和我的代码如下:

for(i in Genes[2:4]){print(
  pairwise.wilcox.test(i,Drugs$D1, p.adjust.method = "fdr", exact =F, paired = F, alt = "two.sided"))

  dev.off
}

然而,输出并不是我所希望的:

Pairwise comparisons using Wilcoxon rank sum test 

data:  i and Drugs$D1

  R

S 0.23

P value adjustment method: fdr 

如何更改代码以包含相应变量的名称而不是" i"在输出?

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